More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3220 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3220  putative VGR-related protein  100 
 
 		 509 aa  1046    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00376065 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5512  Rhs element Vgr protein  63.21 
 
 		 902 aa  634  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3371  type VI secretion system Vgr family protein  53.24 
 
 		 922 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5209  Rhs element Vgr protein  52.66 
 
 		 922 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00397  putative VGR-related protein  48.14 
 
 		 908 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.873856 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0100  Rhs element Vgr protein  45.9 
 
 		 926 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0207  Rhs element Vgr protein  46.06 
 
 		 921 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0113608  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1615  putative Rhs element Vgr protein  45.9 
 
 		 928 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.491638  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0089  Rhs element Vgr protein, putative  45.49 
 
 		 926 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3225  Rhs element Vgr protein, putative  45.49 
 
 		 926 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0127  putative Rhs element Vgr protein  45.7 
 
 		 928 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6429  type VI secretion system Vgr family protein  44.9 
 
 		 955 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.727988 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1411  Rhs element Vgr protein  44.32 
 
 		 956 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6418  Rhs element Vgr protein  44.32 
 
 		 956 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.149183 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4520  type VI secretion system Vgr family protein  46.85 
 
 		 927 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1582  Rhs element Vgr protein  52.48 
 
 		 858 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.371781  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  38.88 
 
 		 853 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  38.58 
 
 		 851 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03644  Rhs element Vgr protein  41.91 
 
 		 906 aa  301  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02464  Rhs element Vgr protein  41.91 
 
 		 906 aa  301  1e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  38.22 
 
 		 1019 aa  290  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  36.84 
 
 		 1019 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  37.11 
 
 		 842 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1679  type VI secretion system Vgr family protein  34.65 
 
 		 1048 aa  269  8e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00352314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1930  type VI secretion system Vgr family protein  33.68 
 
 		 862 aa  256  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931752  normal  0.0420074 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2254  type VI secretion system Vgr family protein  33.75 
 
 		 862 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  30.26 
 
 		 968 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  30.32 
 
 		 875 aa  193  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  30.89 
 
 		 871 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  30.86 
 
 		 869 aa  187  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0065  type VI secretion system Vgr family protein  33.9 
 
 		 822 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4974  Rhs element Vgr protein  30.44 
 
 		 958 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0788  Rhs element Vgr protein  29.14 
 
 		 900 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6106  type VI secretion system Vgr family protein  30.98 
 
 		 952 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894358  normal  0.984753 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2686  Rhs element Vgr protein  28.18 
 
 		 891 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.308688  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0169  hypothetical protein  29.27 
 
 		 782 aa  169  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000232253 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0383  type VI secretion system Vgr family protein  27.92 
 
 		 1057 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0894  type VI secretion system Vgr family protein  29.73 
 
 		 886 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2668  type VI secretion system Vgr family protein  27.67 
 
 		 895 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0410  type VI secretion system Vgr family protein  28.57 
 
 		 853 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2559  type VI secretion system Vgr family protein  27.92 
 
 		 895 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0006  type VI secretion system Vgr family protein  30.45 
 
 		 852 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1790  Rhs element Vgr protein  26.69 
 
 		 792 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2028  Rhs element Vgr protein  27.87 
 
 		 895 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14177  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2639  Rhs element Vgr protein  27.87 
 
 		 895 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3327  type VI secretion system Vgr family protein  29.35 
 
 		 850 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.702291 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0733  type VI secretion system family protein  28.6 
 
 		 782 aa  166  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5680  type VI secretion system Vgr family protein  29.56 
 
 		 975 aa  166  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.555449  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2999  Rhs element Vgr protein  31.36 
 
 		 910 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2504  Rhs element Vgr protein  28.6 
 
 		 782 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0785  Rhs element Vgr protein  28.04 
 
 		 832 aa  163  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6610  type VI secretion system Vgr family protein  28.23 
 
 		 924 aa  163  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3549  Rhs element Vgr protein  27.38 
 
 		 1074 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0475  Rhs element Vgr protein  28.74 
 
 		 853 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.494661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0352  type VI secretion system Vgr family protein  27.8 
 
 		 1059 aa  161  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3567  Rhs element Vgr protein  29.14 
 
 		 892 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2983  Rhs element Vgr protein  29.22 
 
 		 782 aa  160  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.389792  hitchhiker  0.000144528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0367  Rhs element Vgr protein  26.84 
 
 		 1057 aa  160  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2922  type VI secretion system Vgr family protein  29.2 
 
 		 853 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.228171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0434  type VI secretion system Vgr family protein  26.82 
 
 		 1063 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000011014 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6440  type VI secretion system Vgr family protein  29.23 
 
 		 843 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.720009  normal  0.358804 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0459  Rhs element Vgr protein  26.56 
 
 		 1063 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2648  Rhs element Vgr protein  26.56 
 
 		 1063 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3254  type VI secretion system Vgr family protein  29.41 
 
 		 787 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1281  type VI secretion system Vgr family protein  29.71 
 
 		 843 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435024  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0805  type VI secretion system Vgr family protein  29 
 
 		 782 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.637165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3859  type VI secretion system Vgr family protein  30.31 
 
 		 901 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5744  type VI secretion system Vgr family protein  27.36 
 
 		 920 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  28.18 
 
 		 911 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4023  Rhs element Vgr protein  27.4 
 
 		 923 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3640  type VI secretion system Vgr family protein  28.47 
 
 		 941 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3479  Rhs element Vgr protein  29.51 
 
 		 845 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.380247 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5730  type VI secretion system Vgr family protein  27.42 
 
 		 868 aa  148  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0627617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2169  Rhs element Vgr protein  29.03 
 
 		 933 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3914  type VI secretion system Vgr family protein  29.19 
 
 		 845 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120628  normal  0.788068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0207  Rhs element Vgr protein  28.13 
 
 		 855 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118716  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0985  Rhs element Vgr protein  28.76 
 
 		 843 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0391  Rhs element Vgr protein  28.86 
 
 		 1094 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.437245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0023  type VI secretion system Vgr family protein  26.43 
 
 		 885 aa  144  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7022  type VI secretion system Vgr family protein  28.22 
 
 		 846 aa  143  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0394  Rhs element Vgr protein  28.94 
 
 		 811 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.787309 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5267  Rhs element Vgr protein  30.17 
 
 		 822 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5197  type VI secretion system Vgr family protein  27.63 
 
 		 837 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0918871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5469  type VI secretion system Vgr family protein  31.15 
 
 		 1284 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387829  normal  0.0913862 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1932  type VI secretion system Vgr family protein  28.24 
 
 		 918 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1505  type VI secretion system Vgr family protein  29.1 
 
 		 826 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.483265 
 
 
-
 
NC_003296  RS01970  putative VGR-related protein  29.27 
 
 		 898 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0449  type VI secretion system Vgr family protein  30.32 
 
 		 840 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462145  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3777  type VI secretion system Vgr family protein  27.47 
 
 		 850 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.028091 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3130  type VI secretion system Vgr family protein  28.76 
 
 		 835 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2225  Rhs element Vgr protein  26.44 
 
 		 835 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4617  Rhs element Vgr protein  27.47 
 
 		 850 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.761294  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3746  Rhs element Vgr protein  27.47 
 
 		 850 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0271118 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04700  Rhs element Vgr protein  26.02 
 
 		 979 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03738  putative VGR-related protein  29.37 
 
 		 957 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.198638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0626  Rhs element Vgr protein  30.17 
 
 		 889 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.160391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0013  Rhs element Vgr protein  29.13 
 
 		 771 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5366  Rhs element Vgr protein  29.84 
 
 		 1284 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.317319  normal  0.534977 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2840  Rhs element Vgr protein  27.39 
 
 		 838 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.363054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02029  Rhs element Vgr protein  25.18 
 
 		 928 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>