More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4125 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1487  diguanylate cyclase  91.99 
 
 
587 aa  1046    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0988426  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4125  diguanylate cyclase  100 
 
 
592 aa  1196    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.13437  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
563 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.95 
 
 
572 aa  372  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0206  diguanylate cyclase  30.59 
 
 
556 aa  273  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0661328  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2114  protein serine/threonine phosphatase  32.58 
 
 
666 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1551  signal domain-containing protein  31.87 
 
 
661 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0252  hypothetical protein  34.25 
 
 
663 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02150  hypothetical protein  33.97 
 
 
663 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.308967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2356  protein serine/threonine phosphatase  28.78 
 
 
679 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
703 aa  140  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.18 
 
 
424 aa  136  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  25.57 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  39.36 
 
 
632 aa  130  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.45 
 
 
415 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  26.84 
 
 
493 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
681 aa  124  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
495 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  29.5 
 
 
427 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  29.6 
 
 
548 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0984  sensory box protein  42.29 
 
 
810 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 
314 aa  118  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  41.8 
 
 
417 aa  118  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.07 
 
 
569 aa  118  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  27.18 
 
 
493 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.43 
 
 
417 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.67 
 
 
459 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
356 aa  117  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  30 
 
 
603 aa  117  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.78 
 
 
574 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
373 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.65 
 
 
1209 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.19 
 
 
1228 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  26.41 
 
 
493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.25 
 
 
708 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.65 
 
 
1209 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  42.13 
 
 
523 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
324 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 
689 aa  114  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.02 
 
 
1072 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.02 
 
 
694 aa  114  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  32.43 
 
 
604 aa  114  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  37.97 
 
 
866 aa  114  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
392 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 
565 aa  113  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.66 
 
 
382 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
496 aa  113  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
386 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
604 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  32.85 
 
 
892 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 
996 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 
879 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.66 
 
 
342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
516 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
491 aa  112  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  37.93 
 
 
341 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.95 
 
 
682 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
681 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  38.25 
 
 
514 aa  112  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  35.51 
 
 
591 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.3 
 
 
944 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
495 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  38.62 
 
 
398 aa  111  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
326 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.9 
 
 
320 aa  111  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 
516 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.16 
 
 
485 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.17 
 
 
1216 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.2 
 
 
349 aa  110  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
569 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.38 
 
 
328 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.647593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.72 
 
 
980 aa  110  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.58 
 
 
1215 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  34.13 
 
 
721 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 
482 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.29 
 
 
727 aa  110  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  33.5 
 
 
604 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.58 
 
 
1215 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.64 
 
 
981 aa  110  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.76 
 
 
568 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  35.45 
 
 
623 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 
806 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
313 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  35.64 
 
 
611 aa  110  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
313 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
316 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
816 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.44 
 
 
1492 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144881  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.55 
 
 
571 aa  110  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  34.17 
 
 
237 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
313 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.64 
 
 
730 aa  109  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
312 aa  110  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
1147 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.22 
 
 
781 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  35.1 
 
 
1215 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  36.95 
 
 
495 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.03 
 
 
875 aa  109  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>