More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1487 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1487  diguanylate cyclase  100 
 
 		 587 aa  1188    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0988426  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4125  diguanylate cyclase  91.99 
 
 		 592 aa  1046    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.13437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 563 aa  383  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 572 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0206  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 556 aa  279  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0661328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1551  signal domain-containing protein  31.55 
 
 		 661 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2114  protein serine/threonine phosphatase  32.08 
 
 		 666 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0252  hypothetical protein  33.61 
 
 		 663 aa  199  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02150  hypothetical protein  33.33 
 
 		 663 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.308967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2356  protein serine/threonine phosphatase  27.6 
 
 		 679 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  25.29 
 
 		 485 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  25.49 
 
 		 485 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  25.49 
 
 		 485 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  25 
 
 		 485 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 486 aa  138  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  24.76 
 
 		 486 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  24.76 
 
 		 486 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  24.76 
 
 		 486 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 703 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  24.56 
 
 		 486 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  25.22 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  34.44 
 
 		 424 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 490 aa  130  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  26.9 
 
 		 493 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 632 aa  127  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0984  sensory box protein  44 
 
 		 810 aa  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 415 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 417 aa  123  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  23.68 
 
 		 491 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.64 
 
 		 814 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 681 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  27.1 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 356 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  27.38 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 417 aa  120  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 569 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.49 
 
 		 721 aa  118  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 603 aa  118  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 540 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.61 
 
 		 574 aa  118  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 373 aa  117  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.91 
 
 		 708 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  38.62 
 
 		 866 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 		 721 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  21.76 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  42.7 
 
 		 523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 349 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.12 
 
 		 568 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 324 aa  115  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  29.48 
 
 		 427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.86 
 
 		 746 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.895122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 		 1147 aa  114  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.92 
 
 		 1072 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 682 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 314 aa  113  9e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 		 944 aa  113  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.37 
 
 		 980 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2290  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 975 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.86 
 
 		 879 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 307 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 312 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.69 
 
 		 731 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 604 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 259 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  41.94 
 
 		 578 aa  112  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 		 516 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2291  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 651 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 591 aa  111  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 623 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.1 
 
 		 816 aa  111  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 312 aa  111  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 638 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 604 aa  112  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.3 
 
 		 1209 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 516 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 		 326 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  37.81 
 
 		 341 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.47 
 
 		 689 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.04 
 
 		 756 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.43 
 
 		 981 aa  111  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 354 aa  111  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 		 892 aa  111  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  39.78 
 
 		 778 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 382 aa  110  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.12 
 
 		 749 aa  110  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 514 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.7 
 
 		 781 aa  110  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 495 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.3 
 
 		 1209 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 459 aa  111  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 571 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.06 
 
 		 760 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 516 aa  110  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 761 aa  110  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.38 
 
 		 320 aa  110  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 		 878 aa  110  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.04 
 
 		 740 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>