More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0162 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  53.72 
 
 		 696 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  100 
 
 		 614 aa  1204    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  54.37 
 
 		 642 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  54.55 
 
 		 645 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  56.53 
 
 		 671 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  54 
 
 		 645 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  56.18 
 
 		 668 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  53.28 
 
 		 653 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  50.81 
 
 		 690 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  51.8 
 
 		 677 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  32.62 
 
 		 565 aa  293  5e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 461 aa  268  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 508 aa  221  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  29.39 
 
 		 516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  28.99 
 
 		 516 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 451 aa  205  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 530 aa  194  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 514 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 518 aa  192  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.9 
 
 		 518 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 518 aa  187  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.58 
 
 		 518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 518 aa  184  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 518 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 518 aa  184  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  33.53 
 
 		 521 aa  183  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 518 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 518 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 518 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 518 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 518 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 518 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 559 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 518 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 518 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 536 aa  168  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  42.11 
 
 		 520 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 464 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  31.12 
 
 		 518 aa  161  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 349 aa  151  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 625 aa  150  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 624 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  30.63 
 
 		 524 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 625 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 625 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  49.04 
 
 		 474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 227 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 314 aa  146  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 620 aa  146  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.98 
 
 		 730 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.73 
 
 		 625 aa  145  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.01 
 
 		 794 aa  145  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.1 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  40.78 
 
 		 340 aa  144  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 470 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.77 
 
 		 315 aa  144  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.16 
 
 		 820 aa  143  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 775 aa  144  7e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 624 aa  143  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.27 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 622 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 403 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 388 aa  142  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 388 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 342 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 438 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 381 aa  140  7e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 628 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 304 aa  140  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 433 aa  140  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 291 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  42 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 621 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.5 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 476 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 454 aa  139  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  45.06 
 
 		 307 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 316 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 373 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 631 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 753 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 459 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.09 
 
 		 797 aa  139  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 628 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.7 
 
 		 316 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 498 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 309 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 610 aa  138  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 306 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 641 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 631 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 280 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 628 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 		 312 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 686 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.25 
 
 		 419 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>