More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_6286 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  51.33 
 
 		 696 aa  641    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  83.43 
 
 		 671 aa  1018    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 668 aa  1319    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  54.26 
 
 		 642 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  53.3 
 
 		 645 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  53.01 
 
 		 645 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  52.8 
 
 		 653 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  51.89 
 
 		 690 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  52.6 
 
 		 677 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 565 aa  254  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 461 aa  251  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 508 aa  226  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.2 
 
 		 516 aa  200  9e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.92 
 
 		 516 aa  196  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 460 aa  193  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 530 aa  187  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  34.93 
 
 		 518 aa  187  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 451 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 518 aa  180  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 518 aa  179  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 518 aa  178  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  33.65 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 518 aa  174  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 518 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 518 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 518 aa  173  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 518 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 518 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 518 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 559 aa  170  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  40.57 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  33.89 
 
 		 536 aa  161  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  46.82 
 
 		 301 aa  154  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  32.59 
 
 		 521 aa  154  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 464 aa  153  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 476 aa  148  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 636 aa  147  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 1078 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 459 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 291 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 		 315 aa  144  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 520 aa  144  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  48.75 
 
 		 474 aa  144  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 524 aa  143  9e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 314 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.19 
 
 		 419 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 349 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 730 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 516 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.67 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 459 aa  141  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 388 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 347 aa  140  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  32.97 
 
 		 518 aa  140  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  45.83 
 
 		 721 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 388 aa  140  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 614 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  45.78 
 
 		 523 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 308 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 427 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 227 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 624 aa  139  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  45.4 
 
 		 307 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 440 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.98 
 
 		 550 aa  138  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.32 
 
 		 625 aa  137  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 625 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 370 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 306 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 379 aa  137  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 715 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  57.32 
 
 		 614 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 295 aa  137  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.67 
 
 		 772 aa  137  6.0000000000000005e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 507 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 492 aa  137  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.04 
 
 		 901 aa  137  8e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 387 aa  137  9e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  43.12 
 
 		 325 aa  137  9e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 591 aa  137  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 316 aa  137  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 471 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 794 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 507 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  44.79 
 
 		 306 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  36.23 
 
 		 275 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 309 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 517 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 355 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  44.85 
 
 		 542 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>