More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0747 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  100 
 
 		 1836 aa  3536    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  48.42 
 
 		 1955 aa  1097    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  51.29 
 
 		 1523 aa  1055    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  49.64 
 
 		 1967 aa  1471    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  45.7 
 
 		 1980 aa  1355    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  48.69 
 
 		 1797 aa  1452    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  48.56 
 
 		 1976 aa  1427    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  51.29 
 
 		 1523 aa  1055    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  50.68 
 
 		 1529 aa  1039    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  49.01 
 
 		 1952 aa  1096    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  48.87 
 
 		 2090 aa  1127    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  40.55 
 
 		 1386 aa  572  1e-161  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  38.42 
 
 		 1623 aa  565  1.0000000000000001e-159  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  37.82 
 
 		 1174 aa  481  1e-134  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  36.59 
 
 		 1184 aa  483  1e-134  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  35.67 
 
 		 1176 aa  459  1e-127  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  37.98 
 
 		 957 aa  449  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  36.3 
 
 		 1175 aa  436  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  34.73 
 
 		 1231 aa  391  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  31.34 
 
 		 1026 aa  332  3e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  31.83 
 
 		 945 aa  239  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  33.05 
 
 		 944 aa  239  4e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.9 
 
 		 946 aa  166  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  42.47 
 
 		 641 aa  165  8.000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  28.54 
 
 		 1093 aa  164  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  36.16 
 
 		 616 aa  162  7e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  37.38 
 
 		 700 aa  160  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  38.69 
 
 		 629 aa  159  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3468  DNA primase catalytic core domain protein  45.67 
 
 		 555 aa  155  8.999999999999999e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0196475  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  34.29 
 
 		 632 aa  152  5e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.16 
 
 		 907 aa  150  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  37.62 
 
 		 656 aa  150  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08050  TrwC relaxase  28.75 
 
 		 1160 aa  150  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.94 
 
 		 1481 aa  149  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  33.8 
 
 		 573 aa  148  9e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  31.36 
 
 		 872 aa  148  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  36.83 
 
 		 627 aa  147  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  36.33 
 
 		 567 aa  147  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0016  TrwC relaxase  31.07 
 
 		 926 aa  145  8e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  34.44 
 
 		 616 aa  144  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  35.62 
 
 		 623 aa  144  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  35.76 
 
 		 651 aa  143  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  34.81 
 
 		 636 aa  142  6e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  34.38 
 
 		 642 aa  142  6e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1932  DNA primase  38.25 
 
 		 648 aa  141  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0456378  hitchhiker  0.00240757 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  39.51 
 
 		 601 aa  140  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  37.06 
 
 		 866 aa  140  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  35 
 
 		 644 aa  139  5e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  34.47 
 
 		 656 aa  139  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  34.63 
 
 		 628 aa  137  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  38.52 
 
 		 684 aa  137  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  30.57 
 
 		 1100 aa  137  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  31.93 
 
 		 1039 aa  136  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  34.41 
 
 		 600 aa  135  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  36.27 
 
 		 645 aa  135  6.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  39.5 
 
 		 641 aa  134  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.9 
 
 		 1245 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1522  DNA primase  34.59 
 
 		 634 aa  134  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0736351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  28.68 
 
 		 918 aa  133  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  30.58 
 
 		 985 aa  133  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  33.53 
 
 		 629 aa  132  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  30.31 
 
 		 1208 aa  132  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  32.15 
 
 		 1034 aa  132  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  34.6 
 
 		 667 aa  132  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  31.35 
 
 		 1107 aa  132  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  33.71 
 
 		 595 aa  130  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  35.36 
 
 		 686 aa  130  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.54 
 
 		 1356 aa  130  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  33.72 
 
 		 952 aa  130  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  34.09 
 
 		 595 aa  130  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  36.9 
 
 		 605 aa  129  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  32.17 
 
 		 1000 aa  128  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  32.17 
 
 		 1000 aa  128  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  40.71 
 
 		 682 aa  128  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0462  DNA primase  37.35 
 
 		 559 aa  128  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  40.53 
 
 		 611 aa  127  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0495  DNA primase  40.18 
 
 		 599 aa  127  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117226 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  34.11 
 
 		 1025 aa  128  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  35.62 
 
 		 576 aa  127  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  33.49 
 
 		 952 aa  127  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16970  DNA primase  33.15 
 
 		 658 aa  127  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.522082  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  33.05 
 
 		 574 aa  126  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0904  DNA primase  30.46 
 
 		 699 aa  127  3e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  32.15 
 
 		 998 aa  127  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  31.42 
 
 		 998 aa  126  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  35.54 
 
 		 574 aa  125  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07051  DNA primase  35.93 
 
 		 679 aa  125  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0886385 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  34.72 
 
 		 655 aa  125  6e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1292  DNA primase  39.3 
 
 		 694 aa  125  8e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.320597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  30.19 
 
 		 976 aa  125  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  30.19 
 
 		 976 aa  125  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1453  TrwC relaxase  29.5 
 
 		 1223 aa  125  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  34.71 
 
 		 587 aa  125  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  32.2 
 
 		 660 aa  124  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  33.92 
 
 		 624 aa  124  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  29.19 
 
 		 1102 aa  125  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  30.6 
 
 		 974 aa  125  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  35.29 
 
 		 655 aa  124  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  31.66 
 
 		 1006 aa  124  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  31.39 
 
 		 588 aa  124  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>