More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0495 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  58.67 
 
 
576 aa  694    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1369  DNA primase  65.78 
 
 
572 aa  776    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0240791  normal  0.628544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0495  DNA primase  100 
 
 
599 aa  1230    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117226 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1086  DNA primase  53 
 
 
580 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.115532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  45.62 
 
 
567 aa  480  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  44.44 
 
 
573 aa  477  1e-133  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  37.84 
 
 
619 aa  260  6e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  33.18 
 
 
593 aa  253  8.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  36.26 
 
 
599 aa  251  4e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  33.33 
 
 
626 aa  249  7e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  32.08 
 
 
544 aa  249  1e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  40.64 
 
 
638 aa  249  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  36.99 
 
 
599 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  37.5 
 
 
592 aa  247  4.9999999999999997e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  35.44 
 
 
600 aa  246  6e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  32.53 
 
 
613 aa  246  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  37.03 
 
 
584 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  38.57 
 
 
587 aa  245  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  36.94 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  39.11 
 
 
663 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  33.83 
 
 
660 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  35.75 
 
 
571 aa  243  5e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  38.96 
 
 
660 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  243  6e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  36.13 
 
 
601 aa  243  6e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  35.75 
 
 
598 aa  243  7e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  32.43 
 
 
583 aa  243  7e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  38.96 
 
 
660 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  39.66 
 
 
588 aa  243  9e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  38.96 
 
 
651 aa  243  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0720  DNA primase  39.04 
 
 
647 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205397  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  35.98 
 
 
604 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  34.95 
 
 
598 aa  241  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3370  DNA primase  36.68 
 
 
674 aa  241  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  36.9 
 
 
581 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  36.9 
 
 
581 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  36.9 
 
 
581 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  36.9 
 
 
581 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  36.9 
 
 
581 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  38.42 
 
 
652 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  38.4 
 
 
611 aa  240  6.999999999999999e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1814  DNA primase  37.28 
 
 
673 aa  239  8e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  36.6 
 
 
703 aa  239  8e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  37.43 
 
 
587 aa  239  8e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  38.42 
 
 
660 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  36.14 
 
 
640 aa  239  1e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  37.71 
 
 
664 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  36.97 
 
 
582 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  36.39 
 
 
581 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  37.71 
 
 
663 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  39.6 
 
 
617 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  36.8 
 
 
582 aa  237  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  36.41 
 
 
605 aa  237  4e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  33.26 
 
 
613 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  27.47 
 
 
578 aa  237  6e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  30 
 
 
588 aa  236  6e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  32.14 
 
 
600 aa  236  7e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  27.44 
 
 
604 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  35.08 
 
 
586 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  37.71 
 
 
655 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  34.63 
 
 
605 aa  235  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  36.02 
 
 
581 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  36.34 
 
 
609 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0014  DNA primase  31.7 
 
 
645 aa  234  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0081672  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  36.39 
 
 
582 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  31.31 
 
 
595 aa  234  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  36.39 
 
 
582 aa  234  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  36.39 
 
 
582 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0757  DNA primase  39.04 
 
 
647 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.255391  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  33.57 
 
 
574 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  33.02 
 
 
584 aa  234  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  33.98 
 
 
579 aa  234  5e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  35.56 
 
 
676 aa  233  8.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  35.83 
 
 
601 aa  233  9e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  35.75 
 
 
581 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  35.75 
 
 
581 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  34.95 
 
 
660 aa  232  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  38.34 
 
 
665 aa  232  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  35.11 
 
 
576 aa  233  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  35.75 
 
 
641 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  32.78 
 
 
584 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6451  DNA primase  34.76 
 
 
662 aa  232  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.6099  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  36.34 
 
 
660 aa  231  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  31.5 
 
 
587 aa  230  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  34.36 
 
 
574 aa  230  4e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  36.84 
 
 
586 aa  231  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  34.4 
 
 
573 aa  230  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  34.36 
 
 
574 aa  230  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  34.36 
 
 
574 aa  230  6e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0315  DNA primase  33.86 
 
 
655 aa  230  7e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>