More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1404 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 
451 aa  934    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  67.51 
 
 
450 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  76.21 
 
 
452 aa  728    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  86.92 
 
 
448 aa  813    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  68.43 
 
 
450 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  67.8 
 
 
450 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  68.2 
 
 
450 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  67.74 
 
 
450 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  35.36 
 
 
450 aa  259  9e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  34.5 
 
 
451 aa  226  4e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  31.58 
 
 
438 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
416 aa  179  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
415 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  29.67 
 
 
442 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
415 aa  160  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
415 aa  153  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
415 aa  153  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.57 
 
 
415 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
415 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  29.27 
 
 
425 aa  146  7.0000000000000006e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
413 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
402 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
397 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
397 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.79 
 
 
403 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.53 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.7 
 
 
397 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.68 
 
 
399 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
399 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.51 
 
 
396 aa  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
397 aa  117  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
445 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.12 
 
 
402 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.78 
 
 
400 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.78 
 
 
400 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.18 
 
 
402 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
384 aa  114  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.48 
 
 
400 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.93 
 
 
391 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.57 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
415 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.6 
 
 
410 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.23 
 
 
413 aa  111  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  29.38 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
402 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
398 aa  110  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.14 
 
 
392 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
406 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  27.42 
 
 
397 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
406 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
402 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
396 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
398 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
408 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
398 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
411 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  27.17 
 
 
395 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.02 
 
 
401 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
397 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.19 
 
 
397 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
415 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  25.52 
 
 
417 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.36 
 
 
396 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  24.44 
 
 
402 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
400 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  24.15 
 
 
407 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.15 
 
 
407 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  26.73 
 
 
413 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
432 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.55 
 
 
400 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
384 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.99 
 
 
410 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
399 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25 
 
 
400 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  24.44 
 
 
402 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.55 
 
 
400 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
419 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.14 
 
 
397 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  25.76 
 
 
402 aa  104  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
401 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
399 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
398 aa  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
396 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  26.67 
 
 
412 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
408 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.48 
 
 
416 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.75 
 
 
401 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  25.92 
 
 
401 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.27 
 
 
406 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 
417 aa  101  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  25.82 
 
 
413 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
403 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  24.81 
 
 
415 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  29.15 
 
 
408 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
400 aa  100  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.63 
 
 
399 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.83 
 
 
417 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>