More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0366 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 198 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  77.98 
 
 		 182 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  74.85 
 
 		 176 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  76.65 
 
 		 176 aa  262  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  74.71 
 
 		 176 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  71.1 
 
 		 173 aa  255  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  71.51 
 
 		 173 aa  255  3e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  53.59 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 199 aa  164  9e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  46.27 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  52.83 
 
 		 169 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  50.9 
 
 		 167 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  53.46 
 
 		 169 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 		 169 aa  158  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  47.98 
 
 		 188 aa  157  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  46.24 
 
 		 187 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  46.77 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  49.37 
 
 		 189 aa  149  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  47.88 
 
 		 189 aa  147  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 166 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  46.96 
 
 		 200 aa  145  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  47.88 
 
 		 189 aa  145  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  48.24 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  48.1 
 
 		 189 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  48.1 
 
 		 189 aa  143  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.24 
 
 		 201 aa  141  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 223 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 		 223 aa  138  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  48.19 
 
 		 176 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  45.83 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 		 185 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  46.2 
 
 		 206 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 		 168 aa  117  9e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  45.58 
 
 		 163 aa  115  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  39.18 
 
 		 175 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.27 
 
 		 191 aa  114  6.9999999999999995e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  37.79 
 
 		 173 aa  114  8.999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 		 157 aa  108  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  42.68 
 
 		 166 aa  107  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 		 188 aa  105  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 179 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.12 
 
 		 167 aa  101  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  31.1 
 
 		 176 aa  100  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 		 178 aa  98.2  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 		 178 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 		 172 aa  97.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.93 
 
 		 170 aa  97.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 178 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 178 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  42.69 
 
 		 169 aa  95.1  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 178 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  38.04 
 
 		 172 aa  94.7  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 		 169 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  37.63 
 
 		 188 aa  94  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 178 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.27 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 182 aa  92.8  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 180 aa  92.4  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 175 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 178 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 221 aa  91.3  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 		 173 aa  90.5  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 191 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.43 
 
 		 180 aa  90.1  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 170 aa  89.4  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 		 179 aa  89.7  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  32.48 
 
 		 182 aa  89.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 		 174 aa  89.4  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 170 aa  89  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 		 170 aa  88.2  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 168 aa  87.8  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  88.2  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 		 175 aa  87.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 181 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 174 aa  87.4  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 176 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 173 aa  87  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  31.85 
 
 		 177 aa  85.9  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.81 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  34.29 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 		 183 aa  85.9  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  28.05 
 
 		 176 aa  85.9  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 182 aa  85.9  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  34.13 
 
 		 181 aa  85.5  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 		 173 aa  85.1  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 172 aa  85.1  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 184 aa  84.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  39.33 
 
 		 177 aa  84.7  8e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>