173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1995 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  100 
 
 
355 aa  736  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.6265e-07  hitchhiker  9.68585e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  98.31 
 
 
356 aa  726  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  1.89943e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  98.59 
 
 
355 aa  727  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  5.32018e-05  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  83.15 
 
 
352 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.16592e-07  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  80.39 
 
 
357 aa  613  1e-174  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  69.52 
 
 
341 aa  471  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  62.89 
 
 
346 aa  428  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.41301e-10  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  52.94 
 
 
327 aa  366  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  48.99 
 
 
315 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.04 
 
 
343 aa  227  3e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  40.13 
 
 
598 aa  226  5e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  40.57 
 
 
491 aa  219  8e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.75 
 
 
472 aa  216  6e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.94163e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  39.47 
 
 
331 aa  210  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  39.13 
 
 
319 aa  205  9e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  36.92 
 
 
366 aa  205  9e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  1.12186e-06  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.82 
 
 
334 aa  189  4e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  36.39 
 
 
379 aa  174  2e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  34.25 
 
 
472 aa  149  5e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  30.63 
 
 
341 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  32.29 
 
 
357 aa  133  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  30.13 
 
 
537 aa  132  8e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  29.33 
 
 
510 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  32.1 
 
 
380 aa  124  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  28.65 
 
 
699 aa  124  3e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  28.24 
 
 
400 aa  124  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  28.45 
 
 
386 aa  122  1e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  31.15 
 
 
503 aa  118  2e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  29.26 
 
 
471 aa  114  2e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  6.22549e-08  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  30.45 
 
 
320 aa  112  1e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  27.71 
 
 
480 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  28.19 
 
 
471 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  1.91922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  29.77 
 
 
524 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  27.81 
 
 
707 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  27.02 
 
 
789 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  4.01461e-07 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  29.14 
 
 
475 aa  97.8  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.70471e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  26.23 
 
 
810 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  29.41 
 
 
476 aa  96.7  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  28.1 
 
 
501 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  27.25 
 
 
494 aa  94  4e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  27.03 
 
 
456 aa  92.8  7e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  27.93 
 
 
488 aa  91.7  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  30.51 
 
 
1112 aa  90.9  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  27.36 
 
 
522 aa  90.5  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  26.89 
 
 
848 aa  90.1  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  27.55 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  25.76 
 
 
829 aa  87  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  27.52 
 
 
703 aa  87  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  24.86 
 
 
531 aa  86.3  7e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  26.8 
 
 
804 aa  85.9  1e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  28.18 
 
 
1121 aa  84.3  3e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  27.22 
 
 
1121 aa  84.3  3e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  1.70847e-08 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  27.22 
 
 
1121 aa  84  3e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  4.69917e-08 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.07 
 
 
495 aa  79  1e-13  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  27.82 
 
 
472 aa  79  1e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  25.78 
 
 
537 aa  77.4  4e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  24.63 
 
 
581 aa  75.1  2e-12  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
537 aa  71.6  2e-11  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  24.49 
 
 
1143 aa  70.5  4e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  4.57644e-05 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  24.63 
 
 
536 aa  70.5  5e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2196  carbohydrate-binding family 6 protein  27.82 
 
 
533 aa  68.9  1e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  23.4 
 
 
512 aa  69.3  1e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  22.55 
 
 
545 aa  68.6  1e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  25.51 
 
 
310 aa  68.6  2e-10  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  24.03 
 
 
497 aa  67  5e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  29.87 
 
 
512 aa  66.2  9e-10  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  23.4 
 
 
306 aa  65.5  1e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  5.40158e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  26.96 
 
 
497 aa  65.9  1e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  27.62 
 
 
523 aa  65.9  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  23.97 
 
 
516 aa  65.1  2e-09  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  22.81 
 
 
572 aa  65.1  2e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  25 
 
 
562 aa  63.5  5e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  24.84 
 
 
487 aa  63.2  6e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  24.28 
 
 
484 aa  63.2  6e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  26.38 
 
 
517 aa  63.2  7e-09  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  23.34 
 
 
540 aa  62.8  8e-09  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  25.21 
 
 
541 aa  62.8  9e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  27.78 
 
 
550 aa  62.8  9e-09  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  25.08 
 
 
1174 aa  62.8  1e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  7.02951e-07 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3612  methionine biosynthesis MetW  28.1 
 
 
1186 aa  62  1e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0161329  hitchhiker  0.00479901 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0507  glycoside hydrolase family 43  25.53 
 
 
337 aa  61.6  2e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.412329 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  22.9 
 
 
532 aa  62  2e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  24.56 
 
 
393 aa  61.6  2e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1235  Carbohydrate binding family 6  25.1 
 
 
509 aa  61.2  2e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00440741  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  24.14 
 
 
345 aa  60.8  3e-08  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  24.15 
 
 
525 aa  61.2  3e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  23.8 
 
 
519 aa  61.2  3e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  23.16 
 
 
534 aa  61.2  3e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  22.74 
 
 
547 aa  60.5  4e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1992  glycoside hydrolase family protein  24.81 
 
 
315 aa  60.5  4e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  4.93506e-05  unclonable  2.04974e-05 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  24.46 
 
 
538 aa  60.8  4e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.21 
 
 
541 aa  60.1  5e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  22.19 
 
 
511 aa  60.1  5e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  26.35 
 
 
334 aa  60.1  6e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  22.48 
 
 
521 aa  60.1  6e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  22.52 
 
 
532 aa  59.7  7e-08  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  2.1727e-05  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  21.25 
 
 
535 aa  58.9  1e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  25.58 
 
 
560 aa  58.2  2e-07  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3276  carbohydrate-binding family 6 protein  26.48 
 
 
401 aa  58.2  2e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2069  glycoside hydrolase family protein  24.81 
 
 
315 aa  58.5  2e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.7007e-08  hitchhiker  3.5019e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>