111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2401 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2401  polymorphic outer membrane protein  100 
 
 
362 aa  669  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2874  polymorphic outer membrane protein  50.43 
 
 
412 aa  196  5e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.234984  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2873  polymorphic outer membrane protein  54.74 
 
 
717 aa  189  6e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.406525  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3329  polymorphic outer membrane protein  35.49 
 
 
558 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  3.00518e-08 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2319  hypothetical protein  37.04 
 
 
1106 aa  117  4e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.300784  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  34.77 
 
 
852 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0033  hypothetical protein  30.79 
 
 
591 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2988  polymorphic outer membrane protein  31.11 
 
 
575 aa  99  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0583035  hitchhiker  0.000382857 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3707  polymorphic outer membrane protein  30.75 
 
 
518 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  8.78669e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2726  polymorphic outer membrane protein  30.47 
 
 
593 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0479266  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2314  polymorphic outer membrane protein  30.33 
 
 
541 aa  93.6  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4430  polymorphic outer membrane protein  36.7 
 
 
465 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2897  polymorphic outer membrane protein  35.06 
 
 
459 aa  89.7  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.966498  normal  0.981249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3086  polymorphic outer membrane protein  31.62 
 
 
665 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3654  polymorphic outer membrane protein  39.73 
 
 
462 aa  89  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00892124  hitchhiker  0.00240143 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2258  hypothetical protein  32.63 
 
 
530 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1640  polymorphic outer membrane protein  32.87 
 
 
767 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3191  hypothetical protein  29.14 
 
 
593 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.24226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0540  hypothetical protein  30.41 
 
 
1061 aa  87  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  32.46 
 
 
2192 aa  87  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2803  polymorphic outer membrane protein  35.27 
 
 
527 aa  86.7  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.850053  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2283  polymorphic outer membrane protein  30.07 
 
 
575 aa  85.9  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2393  polymorphic outer membrane protein  29.71 
 
 
659 aa  83.6  4e-15  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2246  hypothetical protein  28.82 
 
 
591 aa  83.6  5e-15  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.105015  normal  0.0180285 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4375  parallel beta-helix repeat-containing protein  36.49 
 
 
465 aa  83.2  7e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  6.65337e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2405  hypothetical protein  29.17 
 
 
601 aa  82  2e-14  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.40285e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4219  hypothetical protein  36.36 
 
 
466 aa  81.6  2e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.958199 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2841  polymorphic outer membrane protein  32.84 
 
 
759 aa  80.9  3e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1229  hypothetical protein  37.22 
 
 
481 aa  80.9  3e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0257494  normal  0.865842 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4370  polymorphic outer membrane protein  37.12 
 
 
450 aa  80.5  5e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4376  parallel beta-helix repeat-containing protein  39.38 
 
 
464 aa  79  1e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.632591  decreased coverage  5.19323e-05 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  34.02 
 
 
2042 aa  78.6  2e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10338  probable extracellular nuclease  35.29 
 
 
2160 aa  78.6  2e-13  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1609  hypothetical protein  36.41 
 
 
435 aa  77.8  3e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.44696  normal  0.0279779 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3406  parallel beta-helix repeat-containing protein  39.01 
 
 
479 aa  77.4  4e-13  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.525217  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2695  polymorphic membrane protein  35.18 
 
 
483 aa  77.4  4e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0661586  hitchhiker  0.000503026 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0210  hypothetical protein  35.94 
 
 
460 aa  77.4  4e-13  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1617  polymorphic membrane protein  36.57 
 
 
505 aa  77  5e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.926452  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3043  hypothetical protein  31.51 
 
 
464 aa  76.3  9e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3668  hypothetical protein  33.78 
 
 
501 aa  75.5  1e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3399  polymorphic outer membrane protein  33.05 
 
 
483 aa  75.1  2e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3132  polymorphic membrane protein  31.88 
 
 
546 aa  73.9  4e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2511  polymorphic membrane protein  34.21 
 
 
477 aa  73.6  5e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.238754  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3408  polymorphic outer membrane protein  35.43 
 
 
461 aa  73.6  5e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2156  polymorphic outer membrane protein  33.05 
 
 
526 aa  73.6  5e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.927153  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3646  polymorphic outer membrane protein  34.6 
 
 
509 aa  73.2  7e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.749989  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3011  polymorphic membrane protein  36.99 
 
 
466 aa  72  2e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.802976  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1619  hypothetical protein  34.98 
 
 
454 aa  71.6  2e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.892418  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3990  hypothetical protein  38.95 
 
 
439 aa  70.9  3e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4374  polymorphic outer membrane protein  34.85 
 
 
459 aa  70.9  3e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  5.85185e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2348  hypothetical protein  32.79 
 
 
545 aa  71.2  3e-11  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3634  polymorphic outer membrane protein  29.9 
 
 
655 aa  69.7  7e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0320  polymorphic membrane protein  34.21 
 
 
361 aa  68.9  1e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.960666  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4920  hypothetical protein  32.61 
 
 
468 aa  68.9  1e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0390615  normal  0.0715167 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3075  polymorphic outer membrane protein  41.78 
 
 
462 aa  68.9  1e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  3.56618e-05 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1610  polymorphic outer membrane protein  34.95 
 
 
433 aa  68.2  2e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00898059 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3987  hypothetical protein  35.71 
 
 
467 aa  68.6  2e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2925  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.05 
 
 
462 aa  68.6  2e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02579  hypothetical protein  29.46 
 
 
516 aa  67.4  4e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3407  hypothetical protein  36.56 
 
 
454 aa  67  4e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3647  hypothetical protein  34.58 
 
 
464 aa  67  5e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279677  hitchhiker  0.00645734 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0321  hypothetical protein  34.63 
 
 
457 aa  67  5e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.584072  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1127  hypothetical protein  33.6 
 
 
461 aa  66.6  6e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.5274  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0244  hypothetical protein  33.33 
 
 
647 aa  65.5  1e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.601423  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0723  hypothetical protein  29.53 
 
 
1318 aa  65.5  1e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.661776 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4725  polymorphic membrane protein  33.98 
 
 
1037 aa  64.7  2e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.708929  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3059  hypothetical protein  32.44 
 
 
523 aa  64.3  3e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.105062 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1626  hypothetical protein  33.8 
 
 
489 aa  63.5  6e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.38383  normal  0.636637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2283  polymorphic outer membrane protein  30.49 
 
 
1296 aa  63.2  7e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1468  hypothetical protein  36.7 
 
 
523 aa  62.8  8e-09  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.92132  hitchhiker  0.00194181 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0859  OmpA/MotB domain protein  26.96 
 
 
913 aa  62  2e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1035  hypothetical protein  28.37 
 
 
1010 aa  61.2  3e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2253  polymorphic outer membrane protein  29.87 
 
 
572 aa  60.8  3e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0130989  normal  0.262802 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3992  hypothetical protein  34.91 
 
 
457 aa  60.8  3e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.688493  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4998  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.12 
 
 
1800 aa  60.5  4e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.329522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0675  Pyrrolo-quinoline quinone  27.84 
 
 
3066 aa  60.5  4e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00895028 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1020  hypothetical protein  30.97 
 
 
435 aa  59.7  8e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1620  polymorphic membrane protein  38.43 
 
 
415 aa  59.3  9e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.890418  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3415  hypothetical protein  31.9 
 
 
455 aa  57.8  3e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.253351  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1120  polymorphic outer membrane protein  31.79 
 
 
441 aa  57.4  4e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00052776 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1297  hypothetical protein  31.43 
 
 
432 aa  57  6e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.442891  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1615  hypothetical protein  32.39 
 
 
452 aa  57  6e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4912  polymorphic outer membrane protein  33.18 
 
 
446 aa  56.6  6e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0139202 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3285  hypothetical protein  31.56 
 
 
532 aa  56.6  7e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.37025  hitchhiker  0.00171312 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4397  hypothetical protein  36.44 
 
 
454 aa  56.6  7e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.792915  normal  0.0309659 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1704  polymorphic outer membrane protein  31.16 
 
 
1755 aa  56.2  8e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.041755  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1362  hypothetical protein  30.52 
 
 
1023 aa  56.2  9e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4391  hypothetical protein  33.62 
 
 
464 aa  55.5  1e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2358  hypothetical protein  34.44 
 
 
477 aa  55.5  1e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.640506  normal  0.200266 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0201  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  27.52 
 
 
884 aa  54.3  4e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1790  polymorphic membrane protein  29.4 
 
 
799 aa  53.5  5e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2509  hypothetical protein  35.14 
 
 
476 aa  52  2e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.0412393 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0383  hypothetical protein  34.78 
 
 
493 aa  52  2e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0788229 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5974  cysteine-rich repeat protein  32.12 
 
 
731 aa  51.2  3e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.681553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0327  conserved repeat domain protein  28.8 
 
 
743 aa  49.7  7e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1045  polymorphic outer membrane protein  34.18 
 
 
476 aa  49.7  9e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1997  Hemolysin-type calcium-binding region  28.03 
 
 
786 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.177214 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1787  polymorphic outer membrane protein  29.62 
 
 
1332 aa  48.5  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3060  hypothetical protein  35.66 
 
 
673 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3982  polymorphic outer membrane protein  30.17 
 
 
496 aa  47.8  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.401558  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>