55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3132 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3132  polymorphic membrane protein  100 
 
 
546 aa  1057    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2348  hypothetical protein  81.35 
 
 
545 aa  785    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2841  polymorphic outer membrane protein  29.68 
 
 
759 aa  92.8  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1640  polymorphic outer membrane protein  33.1 
 
 
767 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2873  polymorphic outer membrane protein  31.92 
 
 
717 aa  90.5  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.406525  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  35.43 
 
 
2042 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3191  hypothetical protein  31.7 
 
 
593 aa  82  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000124226  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2319  hypothetical protein  28.72 
 
 
1106 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.300784  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0540  hypothetical protein  29.72 
 
 
1061 aa  75.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0754  fibronectin type III domain-containing protein  29.46 
 
 
2192 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3707  polymorphic outer membrane protein  28.18 
 
 
518 aa  73.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000878669  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0859  OmpA/MotB domain protein  30.24 
 
 
913 aa  73.9  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2874  polymorphic outer membrane protein  29.16 
 
 
412 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.234984  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2726  polymorphic outer membrane protein  29.94 
 
 
593 aa  72  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0479266  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0033  hypothetical protein  29.8 
 
 
591 aa  70.5  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2405  hypothetical protein  34.18 
 
 
601 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000140285  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4725  polymorphic membrane protein  28.86 
 
 
1037 aa  63.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.708929  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2393  polymorphic outer membrane protein  29.18 
 
 
659 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2401  polymorphic outer membrane protein  39.34 
 
 
362 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3112  hypothetical protein  35.14 
 
 
744 aa  60.5  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0359338  normal  0.0662145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2246  hypothetical protein  29.87 
 
 
591 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.105015  normal  0.0180285 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5974  cysteine-rich repeat protein  30.88 
 
 
731 aa  57.8  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.681553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4022  conserved repeat domain protein  35.38 
 
 
1989 aa  57.4  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0327  conserved repeat domain protein  28.5 
 
 
743 aa  57.4  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2599  hypothetical protein  37.29 
 
 
726 aa  57.8  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0244  hypothetical protein  30 
 
 
647 aa  56.6  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.601423  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2283  polymorphic outer membrane protein  29.46 
 
 
1296 aa  56.6  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4998  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  37.69 
 
 
1800 aa  56.2  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.329522  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2988  polymorphic outer membrane protein  28.52 
 
 
575 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0583035  hitchhiker  0.000382857 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3634  polymorphic outer membrane protein  51.61 
 
 
655 aa  54.3  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2970  hypothetical protein  33.57 
 
 
167 aa  54.3  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0032208  hitchhiker  0.0000171806 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0807  hypothetical protein  34.75 
 
 
587 aa  53.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0970671  normal  0.272045 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  31.21 
 
 
1197 aa  51.2  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2481  conserved repeat domain protein  35.29 
 
 
3921 aa  51.2  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1788  polymorphic membrane protein  29.71 
 
 
1092 aa  51.2  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  27.3 
 
 
852 aa  50.8  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1035  hypothetical protein  27.24 
 
 
1010 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4391  hypothetical protein  31.78 
 
 
464 aa  49.3  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2283  polymorphic outer membrane protein  24.76 
 
 
575 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3754  hypothetical protein  40.66 
 
 
801 aa  47.8  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.635488  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0312  hypothetical protein  36.75 
 
 
775 aa  47.4  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0887413  decreased coverage  0.00223033 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3415  hypothetical protein  30.84 
 
 
455 aa  47  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.253351  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4226  conserved repeat domain protein  35.54 
 
 
983 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.405356 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1704  polymorphic outer membrane protein  29.78 
 
 
1755 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.041755  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3329  polymorphic outer membrane protein  24.85 
 
 
558 aa  46.2  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000300518 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3328  polymorphic outer membrane protein  30.74 
 
 
272 aa  46.2  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000184033 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3399  polymorphic outer membrane protein  28.86 
 
 
483 aa  46.2  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2156  polymorphic outer membrane protein  28.63 
 
 
526 aa  45.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.927153  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1806  hypothetical protein  32.33 
 
 
621 aa  45.4  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4856  hypothetical protein  50 
 
 
1315 aa  45.1  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212334  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3086  polymorphic outer membrane protein  27.52 
 
 
665 aa  45.4  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1997  Hemolysin-type calcium-binding region  33.11 
 
 
786 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.177214 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2314  polymorphic outer membrane protein  27.1 
 
 
541 aa  43.9  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1610  polymorphic outer membrane protein  37.84 
 
 
433 aa  43.9  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00898059 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0759  hypothetical protein  32.48 
 
 
907 aa  43.9  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.747993 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>