More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2952 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_1165  chromosome segregation protein SMC  37.95 
 
 
1163 aa  652    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126703  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1669  chromosome segregation protein SMC  77.17 
 
 
1174 aa  1742    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2046  chromosome segregation protein SMC  59.17 
 
 
1170 aa  1271    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.884019  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3658  chromosome segregation SMC protein, putative  38.16 
 
 
1162 aa  660    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1270  chromosome segregation protein SMC  58.48 
 
 
1171 aa  1289    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.845906  normal  0.0711674 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1928  chromosome segregation protein SMC  59.81 
 
 
1170 aa  1272    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.5125  normal  0.122807 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1563  chromosome segregation protein SMC  58.5 
 
 
1170 aa  1247    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.438222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1817  SMC protein, N-terminal:structural maintenance of chromosome protein SMC, C-terminal:SMCs flexible hinge  37.95 
 
 
1162 aa  666    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445184  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1732  chromosome segregation protein SMC  46.47 
 
 
1167 aa  928    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109943  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2446  chromosome segregation protein SMC  58.58 
 
 
1170 aa  1249    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3806  chromosome segregation protein SMC  38.82 
 
 
1162 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1888  chromosome segregation protein SMC  59.29 
 
 
1171 aa  1310    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.531391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1228  condensin subunit Smc  47.13 
 
 
1165 aa  906    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31729  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0501  chromosome segregation protein SMC  50.69 
 
 
1152 aa  1021    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4465  chromosome segregation protein SMC  74.96 
 
 
1175 aa  1680    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2592  chromosome segregation protein SMC  58.5 
 
 
1268 aa  1251    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0653514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1799  condensin subunit Smc  38.23 
 
 
1162 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0884011  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5336  chromosome segregation protein SMC  59.42 
 
 
1170 aa  1275    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.119827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2086  chromosome segregation protein SMC  77.17 
 
 
1174 aa  1756    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.87089 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1337  chromosome segregation protein SMC  58.41 
 
 
1202 aa  1244    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2463  chromosome segregation protein SMC  58.9 
 
 
1198 aa  1284    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00257713  hitchhiker  0.000112531 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2843  chromosome segregation protein SMC  77.53 
 
 
1175 aa  1769    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12148  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0645  chromosome segregation protein SMC  44.11 
 
 
1190 aa  866    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1457  chromosome segregation protein SMC  51.65 
 
 
1173 aa  1087    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2019  chromosome segregation protein SMC  59.01 
 
 
1170 aa  1262    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3602  chromosome segregation protein SMC  37.72 
 
 
1162 aa  636    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111779  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1814  chromosome segregation protein SMC  77.39 
 
 
1181 aa  1747    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2199  chromosome segregation protein SMC  80.44 
 
 
1171 aa  1857    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1879  condensin subunit Smc  37.9 
 
 
1168 aa  675    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00135504  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1401  condensin subunit Smc  43.2 
 
 
1168 aa  802    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.934786  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2594  chromosome segregation protein SMC  79 
 
 
1182 aa  1838    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1674  chromosome segregation protein SMC  59.34 
 
 
1198 aa  1293    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693113  normal  0.0408996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1810  putative chromosome partition protein  71.83 
 
 
1175 aa  1644    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1346  chromosome segregation protein SMC  58.73 
 
 
1172 aa  1257    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.333304  normal  0.300514 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0697  chromosome segregation protein SMC  36.84 
 
 
1164 aa  636    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2026  chromosome segregation SMC protein  38.29 
 
 
1168 aa  654    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.557942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1426  condensin subunit Smc  58.69 
 
 
1171 aa  1313    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222885  hitchhiker  0.00360124 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1334  chromosome segregation protein SMC  58.91 
 
 
1171 aa  1285    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0218063  normal  0.637516 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6051  chromosome segregation protein SMC  59 
 
 
1170 aa  1269    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2065  chromosome segregation protein SMC  58.41 
 
 
1200 aa  1244    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2952  chromosome segregation protein SMC  100 
 
 
1171 aa  2330    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0128917  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30320  chromosome segregation protein SMC  39.29 
 
 
1162 aa  656    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2748  condensin subunit Smc  38.98 
 
 
1162 aa  655    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.928329  normal  0.900394 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2059  chromosome segregation protein SMC  59.35 
 
 
1142 aa  1221    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44680  putative chromosome segregation protein  39.02 
 
 
1162 aa  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0150952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3590  chromosome segregation protein SMC  76.13 
 
 
1204 aa  1715    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0968509  normal  0.0336538 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2514  chromosome segregation protein SMC  67.95 
 
 
1170 aa  1503    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0530303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1250  chromosome segregation protein SMC  59.9 
 
 
1206 aa  1265    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2026  chromosome segregation protein SMC  59.08 
 
 
1170 aa  1274    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.676203  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3246  chromosome segregation protein SMC  58.41 
 
 
1170 aa  1246    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.318712  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2502  chromosome segregation protein SMC  58.58 
 
 
1170 aa  1249    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.240456  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2192  chromosome segregation protein SMC  45.79 
 
 
1234 aa  900    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4276  chromosome segregation protein SMC  37.6 
 
 
1162 aa  635  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1695  chromosome segregation protein SMC  37.45 
 
 
1170 aa  624  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.573512  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1567  chromosome segregation protein SMC  37.11 
 
 
1142 aa  623  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218486  hitchhiker  0.0000000844837 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  36.99 
 
 
1167 aa  614  9.999999999999999e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1506  chromosome segregation protein SMC  37.33 
 
 
1142 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00012681  hitchhiker  0.00000000387349 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1573  chromosome segregation protein SMC  37.17 
 
 
1142 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00374514  hitchhiker  0.000804403 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1687  chromosome segregation protein SMC  36.54 
 
 
1140 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0207263  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1577  chromosome segregation protein SMC  37.59 
 
 
1164 aa  606  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0714092  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01848  Chromosome segregation ATPase, sms  35.75 
 
 
1195 aa  608  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2673  hypothetical protein  36.14 
 
 
1164 aa  603  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  37.49 
 
 
1167 aa  604  1.0000000000000001e-171  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2543  hypothetical protein  36.24 
 
 
1164 aa  599  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  36.51 
 
 
1167 aa  598  1e-169  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2898  SMC family protein  36.89 
 
 
1145 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  36.27 
 
 
1167 aa  599  1e-169  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2366  chromosome segregation protein SMC  35.21 
 
 
1145 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00122996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2379  chromosome segregation protein SMC  36.37 
 
 
1141 aa  582  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.882333  unclonable  0.00000367062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1514  SMC family protein  35.93 
 
 
1139 aa  557  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192441  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0161  chromosome segregation protein SMC  33.25 
 
 
1167 aa  481  1e-134  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0753  chromosome segregation protein SMC  35.19 
 
 
1150 aa  478  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0900  chromosome segregation protein SMC  35.19 
 
 
1150 aa  478  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.188992  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3494  chromosome segregation protein SMC  31.85 
 
 
1177 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0101958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0962  chromosome segregation protein SMC  30.81 
 
 
1176 aa  436  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.910781  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1130  chromosome segregation SMC protein, putative  30.62 
 
 
1175 aa  425  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3299  chromosome segregation protein SMC  30.13 
 
 
1176 aa  421  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207651 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2356  chromosome segregation SMC protein  31.13 
 
 
1173 aa  414  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0899656  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1174  condensin subunit Smc  31.11 
 
 
1176 aa  413  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.719475  normal  0.690584 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1094  chromosome segregation protein SMC  30.17 
 
 
1176 aa  405  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1719  chromosome segregation protein SMC  28.98 
 
 
1204 aa  394  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.388513  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07250  chromosome segregation protein SMC  26.13 
 
 
1185 aa  383  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283351  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1158  condensin subunit Smc  28.69 
 
 
1187 aa  383  1e-104  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00321236  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1095  chromosome segregation protein  32.28 
 
 
1153 aa  379  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.737485  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  35.13 
 
 
1169 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  35.35 
 
 
1169 aa  366  2e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3702  chromosome segregation protein SMC  31.58 
 
 
1403 aa  360  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.141623  normal  0.135068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1592  chromosome segregation protein SMC  36.83 
 
 
1162 aa  354  5e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.843365  normal  0.195769 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1716  chromosome segregation protein SMC  25.9 
 
 
1196 aa  353  8e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.651651  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0454  condensin subunit Smc  28.58 
 
 
1184 aa  350  7e-95  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0498  chromosome segregation protein SMC  27.67 
 
 
1185 aa  346  2e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0661  SMC domain protein  26.05 
 
 
1172 aa  343  1e-92  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0851  chromosome segregation protein SMC  30.01 
 
 
1179 aa  342  2.9999999999999998e-92  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.687128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0679  chromosome segregation protein SMC  39.07 
 
 
1168 aa  342  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1592  chromosome segregation protein, Smc family protein  26.32 
 
 
1178 aa  340  7e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00176998  normal  0.493606 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0461  chromosome segregation protein SMC  27.87 
 
 
1186 aa  328  4.0000000000000003e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2463  chromosome segregation protein SMC  32.7 
 
 
1144 aa  325  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000141924  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3840  chromosome segregation protein SMC  47.4 
 
 
1162 aa  322  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.509302 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2516  chromosome segregation protein SMC  55.93 
 
 
1138 aa  320  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0576231  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10080  chromosome segregation protein SMC  27.9 
 
 
1174 aa  320  1e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.503151  hitchhiker  0.00000182837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>