More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1095 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0497  SMC family protein  63.45 
 
 
1152 aa  1265    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0163  chromosome segregation protein SMC  46.48 
 
 
1150 aa  754    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0699  chromosome segregation protein SMC  50.43 
 
 
1153 aa  929    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1981  chromosome segregation protein SMC  52.21 
 
 
1150 aa  885    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.124939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0613  chromosome segregation protein SMC  63.93 
 
 
1152 aa  1272    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2608  chromosome segregation protein SMC  50.86 
 
 
1168 aa  989    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.198178  normal  0.335966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0745  chromosome segregation protein SMC  49 
 
 
1150 aa  882    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.525394  normal  0.893736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0547  chromosome segregation protein SMC  72.1 
 
 
1153 aa  1493    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.725203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3248  condensin subunit Smc  45.02 
 
 
1167 aa  706    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2318  condensin subunit Smc  51.21 
 
 
1154 aa  985    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1066  chromosome segregation protein SMC  51.77 
 
 
1154 aa  1004    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0374  chromosome segregation protein SMC  44.6 
 
 
1151 aa  785    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4374  chromosome segregation protein SMC  51.61 
 
 
1154 aa  1024    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.95695  normal  0.0465691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1194  chromosome segregation protein SMC  51.87 
 
 
1154 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3230  chromosome segregation protein SMC  51.29 
 
 
1170 aa  984    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2587  chromosome segregation protein SMC  45.12 
 
 
1151 aa  820    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000427179 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4983  chromosome segregation protein SMC  51.91 
 
 
1154 aa  998    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0768  condensin subunit Smc  64.41 
 
 
1152 aa  1203    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1095  chromosome segregation protein  100 
 
 
1153 aa  2247    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.737485  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0657  chromosome segregation protein SMC  76.37 
 
 
1153 aa  1602    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915586  normal  0.754344 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2199  condensin subunit Smc  46.17 
 
 
1148 aa  738    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.53129 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0716  chromosome segregation protein SMC  77.06 
 
 
1153 aa  1617    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0500  chromosome segregation protein SMC  63.63 
 
 
1152 aa  1270    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.169399  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3824  chromosome segregation protein SMC  52.94 
 
 
1151 aa  970    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0542546 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  32.51 
 
 
1167 aa  427  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  32.43 
 
 
1167 aa  426  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3658  chromosome segregation SMC protein, putative  32.49 
 
 
1162 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1817  SMC protein, N-terminal:structural maintenance of chromosome protein SMC, C-terminal:SMCs flexible hinge  32.79 
 
 
1162 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445184  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  31.43 
 
 
1167 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3494  chromosome segregation protein SMC  31.16 
 
 
1177 aa  406  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0101958  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1573  chromosome segregation protein SMC  31.9 
 
 
1142 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00374514  hitchhiker  0.000804403 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1094  chromosome segregation protein SMC  30.17 
 
 
1176 aa  399  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30320  chromosome segregation protein SMC  33.11 
 
 
1162 aa  399  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1810  putative chromosome partition protein  31.77 
 
 
1175 aa  399  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  29.65 
 
 
1169 aa  394  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2594  chromosome segregation protein SMC  31.57 
 
 
1182 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  32.77 
 
 
1167 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2199  chromosome segregation protein SMC  31.82 
 
 
1171 aa  391  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  29.23 
 
 
1169 aa  391  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07250  chromosome segregation protein SMC  27.84 
 
 
1185 aa  389  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283351  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2086  chromosome segregation protein SMC  31.43 
 
 
1174 aa  388  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.87089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4694  chromosome segregation protein SMC  42.45 
 
 
1140 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.362258 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2952  chromosome segregation protein SMC  32.93 
 
 
1171 aa  388  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0128917  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1888  chromosome segregation protein SMC  31.32 
 
 
1171 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.531391  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1270  chromosome segregation protein SMC  31.41 
 
 
1171 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.845906  normal  0.0711674 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2356  chromosome segregation SMC protein  30.47 
 
 
1173 aa  379  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0899656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1426  condensin subunit Smc  31.38 
 
 
1171 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222885  hitchhiker  0.00360124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4373  chromosome segregation protein SMC  57.39 
 
 
1153 aa  371  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.991905 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0800  chromosome segregation SMC protein, putative  28.51 
 
 
1189 aa  367  1e-100  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0563291  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1084  chromosome segregation protein SMC  28.12 
 
 
1187 aa  365  3e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7655  chromosome segregation protein SMC  60 
 
 
1148 aa  364  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00190533  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0144  chromosome segregation protein SMC  54.11 
 
 
1170 aa  357  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0876  chromosome segregation protein SMC2  54.39 
 
 
1151 aa  355  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.601564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2536  chromosome segregation protein SMC  54.67 
 
 
1170 aa  354  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0645  chromosome segregation protein SMC  30.94 
 
 
1190 aa  352  2e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3890  chromosome segregation SMC protein  28.2 
 
 
1189 aa  349  1e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3896  chromosome segregation SMC protein  28.2 
 
 
1189 aa  349  1e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000029019  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3589  chromosome segregation SMC protein  28.31 
 
 
1189 aa  349  2e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3671  chromosome segregation protein SMC  28.04 
 
 
1189 aa  348  3e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0691898  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1592  chromosome segregation protein, Smc family protein  25.51 
 
 
1178 aa  348  4e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00176998  normal  0.493606 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3947  chromosome segregation SMC protein  28.1 
 
 
1189 aa  346  1e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0309005  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3862  chromosome segregation SMC protein  28.23 
 
 
1189 aa  346  1e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01045e-55 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2500  chromosome segregation protein SMC  27 
 
 
1189 aa  345  2e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1296  chromosome segregation SMC protein  27.7 
 
 
1189 aa  344  4e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00500491  hitchhiker  3.1853300000000003e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3699  chromosome segregation SMC protein  28.23 
 
 
1189 aa  344  5e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3607  chromosome segregation SMC protein  28.04 
 
 
1189 aa  344  5e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3986  chromosome segregation SMC protein  28.23 
 
 
1189 aa  344  5e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2068  chromosome segregation protein SMC  27.02 
 
 
1186 aa  333  9e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00912861  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2738  chromosome segregation protein SMC  54.39 
 
 
1167 aa  331  5.0000000000000004e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6942  chromosome segregation protein SMC  70.04 
 
 
1144 aa  329  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0702595 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0927  condensin subunit Smc  25.72 
 
 
1190 aa  328  3e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.177469  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0851  chromosome segregation protein SMC  30.14 
 
 
1179 aa  316  1.9999999999999998e-84  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.687128 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0504  chromosome segregation protein SMC  27.37 
 
 
1179 aa  316  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1271  chromosome segregation SMC protein  27.74 
 
 
1177 aa  313  7.999999999999999e-84  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0955  chromosome segregation protein SMC  46.68 
 
 
1147 aa  298  4e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.235362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2270  chromosome segregation protein SMC  66.2 
 
 
1147 aa  296  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0064  SMC domain protein  39.88 
 
 
1511 aa  293  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0434137 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1220  chromosome segregation protein SMC  24.84 
 
 
1164 aa  289  2e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2124  chromosome segregation protein SMC  31.33 
 
 
1191 aa  289  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00819579 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0917  SMC domain protein  22.83 
 
 
1180 aa  287  8e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1571  chromosome segregation protein SMC  25.24 
 
 
1170 aa  281  7e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0399  chromosome segregation protein SMC  56.41 
 
 
1165 aa  275  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.489923  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0708  chromosome segregation protein SMC  51.57 
 
 
1199 aa  219  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.175471  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0709  chromosome segregation protein SMC  51.61 
 
 
1199 aa  218  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0453495  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3840  chromosome segregation protein SMC  33.48 
 
 
1162 aa  218  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.509302 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3299  chromosome segregation protein SMC  30.23 
 
 
1176 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207651 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0697  chromosome segregation protein SMC  46.43 
 
 
1164 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2656  chromosome segregation protein SMC  48.43 
 
 
1138 aa  216  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000574242  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2760  chromosome segregation protein SMC  48.43 
 
 
1138 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.494661  unclonable  0.00000956134 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2366  chromosome segregation protein SMC  44.04 
 
 
1145 aa  215  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00122996  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0962  chromosome segregation protein SMC  30.05 
 
 
1176 aa  215  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.910781  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1703  chromosome segregation protein SMC  48.65 
 
 
1138 aa  215  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00557127  hitchhiker  0.00000000707845 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2748  condensin subunit Smc  42.98 
 
 
1162 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.928329  normal  0.900394 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1774  chromosome segregation protein SMC  34.18 
 
 
1164 aa  214  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21183  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1736  chromosome segregation protein SMC  48.42 
 
 
814 aa  213  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00195971  unclonable  0.00000000014199 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1165  chromosome segregation protein SMC  29.88 
 
 
1163 aa  212  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126703  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1506  chromosome segregation protein SMC  31.11 
 
 
1142 aa  212  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00012681  hitchhiker  0.00000000387349 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0719  chromosome segregation protein SMC  48.85 
 
 
1198 aa  211  7e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0474833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01848  Chromosome segregation ATPase, sms  44.73 
 
 
1195 aa  211  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0674  condensin subunit Smc  43.19 
 
 
1199 aa  211  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>