More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1228 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_1165  chromosome segregation protein SMC  39.22 
 
 
1163 aa  688    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126703  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4276  chromosome segregation protein SMC  40.73 
 
 
1162 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1687  chromosome segregation protein SMC  37.72 
 
 
1140 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0207263  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2046  chromosome segregation protein SMC  49.41 
 
 
1170 aa  978    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.884019  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2463  chromosome segregation protein SMC  48.86 
 
 
1198 aa  971    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00257713  hitchhiker  0.000112531 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2898  SMC family protein  36.8 
 
 
1145 aa  640    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3658  chromosome segregation SMC protein, putative  40.44 
 
 
1162 aa  700    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  38.82 
 
 
1167 aa  685    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2849  chromosome segregation protein SMC  35.83 
 
 
1133 aa  651    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000354618  unclonable  0.0000000590997 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1563  chromosome segregation protein SMC  49.46 
 
 
1170 aa  969    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.438222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2673  hypothetical protein  34.98 
 
 
1164 aa  638    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2543  hypothetical protein  35.18 
 
 
1164 aa  639    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1817  SMC protein, N-terminal:structural maintenance of chromosome protein SMC, C-terminal:SMCs flexible hinge  40.37 
 
 
1162 aa  700    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445184  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1270  chromosome segregation protein SMC  50.13 
 
 
1171 aa  1028    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.845906  normal  0.0711674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1732  chromosome segregation protein SMC  47.4 
 
 
1167 aa  941    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109943  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  38.24 
 
 
1169 aa  695    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1577  chromosome segregation protein SMC  40.42 
 
 
1164 aa  682    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0714092  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1888  chromosome segregation protein SMC  49.46 
 
 
1171 aa  1006    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.531391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1228  condensin subunit Smc  100 
 
 
1165 aa  2323    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31729  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1814  chromosome segregation protein SMC  46.61 
 
 
1181 aa  894    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2592  chromosome segregation protein SMC  49.54 
 
 
1268 aa  972    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0653514  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1695  chromosome segregation protein SMC  39.06 
 
 
1170 aa  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.573512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1799  condensin subunit Smc  39.29 
 
 
1162 aa  691    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0884011  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5336  chromosome segregation protein SMC  49.2 
 
 
1170 aa  971    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.119827 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2366  chromosome segregation protein SMC  36.94 
 
 
1145 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00122996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2843  chromosome segregation protein SMC  47.57 
 
 
1175 aa  926    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12148  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2446  chromosome segregation protein SMC  49.54 
 
 
1170 aa  971    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2065  chromosome segregation protein SMC  49.37 
 
 
1200 aa  968    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0645  chromosome segregation protein SMC  45.72 
 
 
1190 aa  957    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1337  chromosome segregation protein SMC  49.37 
 
 
1202 aa  968    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1250  chromosome segregation protein SMC  49.58 
 
 
1206 aa  972    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2192  chromosome segregation protein SMC  46.08 
 
 
1234 aa  874    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2019  chromosome segregation protein SMC  49.96 
 
 
1170 aa  970    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3246  chromosome segregation protein SMC  49.46 
 
 
1170 aa  970    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.318712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3840  chromosome segregation protein SMC  40.23 
 
 
1162 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.509302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3590  chromosome segregation protein SMC  46.21 
 
 
1204 aa  889    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0968509  normal  0.0336538 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2514  chromosome segregation protein SMC  46.87 
 
 
1170 aa  895    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0530303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2199  chromosome segregation protein SMC  46.76 
 
 
1171 aa  920    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1879  condensin subunit Smc  38.33 
 
 
1168 aa  699    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00135504  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1401  condensin subunit Smc  44.44 
 
 
1168 aa  847    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.934786  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2594  chromosome segregation protein SMC  46.8 
 
 
1182 aa  935    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1674  chromosome segregation protein SMC  49.16 
 
 
1198 aa  982    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693113  normal  0.0408996 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2026  chromosome segregation SMC protein  40.78 
 
 
1168 aa  716    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.557942  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4465  chromosome segregation protein SMC  46.53 
 
 
1175 aa  900    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0501  chromosome segregation protein SMC  44.53 
 
 
1152 aa  828    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0697  chromosome segregation protein SMC  39.65 
 
 
1164 aa  687    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  38.76 
 
 
1167 aa  672    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1334  chromosome segregation protein SMC  49.62 
 
 
1171 aa  1002    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0218063  normal  0.637516 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1426  condensin subunit Smc  48.9 
 
 
1171 aa  1014    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222885  hitchhiker  0.00360124 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1810  putative chromosome partition protein  47.28 
 
 
1175 aa  936    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6051  chromosome segregation protein SMC  49.41 
 
 
1170 aa  977    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1457  chromosome segregation protein SMC  44.52 
 
 
1173 aa  867    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2086  chromosome segregation protein SMC  46.72 
 
 
1174 aa  907    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.87089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1928  chromosome segregation protein SMC  49.92 
 
 
1170 aa  984    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.5125  normal  0.122807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2952  chromosome segregation protein SMC  46.75 
 
 
1171 aa  906    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0128917  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0679  chromosome segregation protein SMC  41.41 
 
 
1168 aa  682    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  39.77 
 
 
1167 aa  697    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  38.83 
 
 
1169 aa  702    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2059  chromosome segregation protein SMC  49.31 
 
 
1142 aa  941    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44680  putative chromosome segregation protein  40.63 
 
 
1162 aa  694    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0150952 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30320  chromosome segregation protein SMC  39.45 
 
 
1162 aa  667    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1669  chromosome segregation protein SMC  46.67 
 
 
1174 aa  900    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2379  chromosome segregation protein SMC  38.36 
 
 
1141 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.882333  unclonable  0.00000367062 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2026  chromosome segregation protein SMC  49.41 
 
 
1170 aa  978    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.676203  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  38.9 
 
 
1167 aa  687    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1346  chromosome segregation protein SMC  48.73 
 
 
1172 aa  955    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.333304  normal  0.300514 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3806  chromosome segregation protein SMC  40.33 
 
 
1162 aa  690    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2502  chromosome segregation protein SMC  49.54 
 
 
1170 aa  971    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.240456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1514  SMC family protein  38.19 
 
 
1139 aa  647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192441  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2748  condensin subunit Smc  39.23 
 
 
1162 aa  683    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.928329  normal  0.900394 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01848  Chromosome segregation ATPase, sms  35.71 
 
 
1195 aa  634  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1774  chromosome segregation protein SMC  35.35 
 
 
1164 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21183  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2440  chromosome segregation SMC protein  39.04 
 
 
1109 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129774  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0900  chromosome segregation protein SMC  34.63 
 
 
1150 aa  526  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.188992  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0753  chromosome segregation protein SMC  34.63 
 
 
1150 aa  525  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0161  chromosome segregation protein SMC  35.8 
 
 
1167 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1174  condensin subunit Smc  33.86 
 
 
1176 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.719475  normal  0.690584 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0708  chromosome segregation protein SMC  34.62 
 
 
1199 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.175471  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0709  chromosome segregation protein SMC  34.49 
 
 
1199 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0453495  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0674  condensin subunit Smc  34.84 
 
 
1199 aa  475  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0962  chromosome segregation protein SMC  33.47 
 
 
1176 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.910781  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1130  chromosome segregation SMC protein, putative  32.54 
 
 
1175 aa  466  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3299  chromosome segregation protein SMC  33.63 
 
 
1176 aa  464  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207651 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0719  chromosome segregation protein SMC  34.13 
 
 
1198 aa  462  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0474833 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1094  chromosome segregation protein SMC  30.9 
 
 
1176 aa  462  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2356  chromosome segregation SMC protein  32.15 
 
 
1173 aa  446  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0899656  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1084  chromosome segregation protein SMC  29.6 
 
 
1187 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3589  chromosome segregation SMC protein  28.65 
 
 
1189 aa  410  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1296  chromosome segregation SMC protein  28.07 
 
 
1189 aa  411  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00500491  hitchhiker  3.1853300000000003e-18 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3862  chromosome segregation SMC protein  28.86 
 
 
1189 aa  412  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01045e-55 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3671  chromosome segregation protein SMC  28.84 
 
 
1189 aa  410  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0691898  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3699  chromosome segregation SMC protein  28.65 
 
 
1189 aa  410  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3986  chromosome segregation SMC protein  28.65 
 
 
1189 aa  410  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0927  condensin subunit Smc  27.34 
 
 
1190 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.177469  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3947  chromosome segregation SMC protein  27.82 
 
 
1189 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0309005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1880  chromosome segregation protein SMC  39.1 
 
 
1165 aa  397  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2318  condensin subunit Smc  31.75 
 
 
1154 aa  396  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1158  condensin subunit Smc  29.7 
 
 
1187 aa  392  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00321236  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07250  chromosome segregation protein SMC  26.88 
 
 
1185 aa  389  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283351  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1293  chromosome segregation protein SMC  27.66 
 
 
1188 aa  382  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>