More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0501 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1334  chromosome segregation protein SMC  53.47 
 
 
1171 aa  1139    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0218063  normal  0.637516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2463  chromosome segregation protein SMC  52.99 
 
 
1198 aa  1117    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00257713  hitchhiker  0.000112531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2026  chromosome segregation SMC protein  37.62 
 
 
1168 aa  649    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.557942  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1563  chromosome segregation protein SMC  52.37 
 
 
1170 aa  1090    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.438222  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2192  chromosome segregation protein SMC  42.04 
 
 
1234 aa  786    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1732  chromosome segregation protein SMC  45.04 
 
 
1167 aa  853    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109943  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2446  chromosome segregation protein SMC  52.46 
 
 
1170 aa  1090    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1888  chromosome segregation protein SMC  53.78 
 
 
1171 aa  1140    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.531391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1228  condensin subunit Smc  44.46 
 
 
1165 aa  844    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31729  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1814  chromosome segregation protein SMC  50.47 
 
 
1181 aa  1036    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2592  chromosome segregation protein SMC  52.46 
 
 
1268 aa  1098    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0653514  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5336  chromosome segregation protein SMC  51.99 
 
 
1170 aa  1097    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.119827 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1250  chromosome segregation protein SMC  52.68 
 
 
1206 aa  1092    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2502  chromosome segregation protein SMC  52.46 
 
 
1170 aa  1091    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.240456  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1928  chromosome segregation protein SMC  52.42 
 
 
1170 aa  1094    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.5125  normal  0.122807 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2843  chromosome segregation protein SMC  51.16 
 
 
1175 aa  1030    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12148  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2086  chromosome segregation protein SMC  51.2 
 
 
1174 aa  1008    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.87089 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0645  chromosome segregation protein SMC  43.37 
 
 
1190 aa  805    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2019  chromosome segregation protein SMC  52.24 
 
 
1170 aa  1080    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1270  chromosome segregation protein SMC  53.55 
 
 
1171 aa  1139    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.845906  normal  0.0711674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2199  chromosome segregation protein SMC  50.04 
 
 
1171 aa  1034    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1879  condensin subunit Smc  37.12 
 
 
1168 aa  660    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00135504  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1401  condensin subunit Smc  42.49 
 
 
1168 aa  776    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.934786  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2594  chromosome segregation protein SMC  50.04 
 
 
1182 aa  1053    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1674  chromosome segregation protein SMC  52.99 
 
 
1198 aa  1123    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693113  normal  0.0408996 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1426  condensin subunit Smc  53.41 
 
 
1171 aa  1145    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222885  hitchhiker  0.00360124 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3246  chromosome segregation protein SMC  52.46 
 
 
1170 aa  1091    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.318712  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2046  chromosome segregation protein SMC  52.42 
 
 
1170 aa  1104    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.884019  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6051  chromosome segregation protein SMC  52.42 
 
 
1170 aa  1102    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1337  chromosome segregation protein SMC  52.37 
 
 
1202 aa  1090    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2065  chromosome segregation protein SMC  52.37 
 
 
1200 aa  1090    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1346  chromosome segregation protein SMC  52.03 
 
 
1172 aa  1096    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.333304  normal  0.300514 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4465  chromosome segregation protein SMC  49.53 
 
 
1175 aa  1004    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1669  chromosome segregation protein SMC  51.16 
 
 
1174 aa  1004    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2952  chromosome segregation protein SMC  50.52 
 
 
1171 aa  1032    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0128917  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2059  chromosome segregation protein SMC  52.3 
 
 
1142 aa  1082    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365444  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3590  chromosome segregation protein SMC  49.66 
 
 
1204 aa  999    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0968509  normal  0.0336538 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0501  chromosome segregation protein SMC  100 
 
 
1152 aa  2314    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2026  chromosome segregation protein SMC  52.51 
 
 
1170 aa  1105    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.676203  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1810  putative chromosome partition protein  49.96 
 
 
1175 aa  1026    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1457  chromosome segregation protein SMC  93.4 
 
 
1173 aa  2103    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2514  chromosome segregation protein SMC  50.56 
 
 
1170 aa  1022    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0530303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2748  condensin subunit Smc  37.8 
 
 
1162 aa  634  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.928329  normal  0.900394 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3602  chromosome segregation protein SMC  37.66 
 
 
1162 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111779  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1817  SMC protein, N-terminal:structural maintenance of chromosome protein SMC, C-terminal:SMCs flexible hinge  38.13 
 
 
1162 aa  623  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1592  chromosome segregation protein SMC  38.13 
 
 
1162 aa  622  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.843365  normal  0.195769 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3658  chromosome segregation SMC protein, putative  37.16 
 
 
1162 aa  619  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4276  chromosome segregation protein SMC  37.76 
 
 
1162 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  35.74 
 
 
1167 aa  607  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  35.03 
 
 
1169 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1165  chromosome segregation protein SMC  34.8 
 
 
1163 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126703  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  36.69 
 
 
1167 aa  598  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1577  chromosome segregation protein SMC  35.79 
 
 
1164 aa  594  1e-168  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0714092  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0697  chromosome segregation protein SMC  35.17 
 
 
1164 aa  595  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  34.73 
 
 
1169 aa  595  1e-168  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  35.33 
 
 
1167 aa  582  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  35.33 
 
 
1167 aa  582  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1774  chromosome segregation protein SMC  35.7 
 
 
1164 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21183  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1687  chromosome segregation protein SMC  35.02 
 
 
1140 aa  567  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0207263  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0679  chromosome segregation protein SMC  35.29 
 
 
1168 aa  561  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2849  chromosome segregation protein SMC  34.08 
 
 
1133 aa  554  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000354618  unclonable  0.0000000590997 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2673  hypothetical protein  33.53 
 
 
1164 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1514  SMC family protein  34.94 
 
 
1139 aa  555  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192441  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2543  hypothetical protein  33.58 
 
 
1164 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01848  Chromosome segregation ATPase, sms  33.69 
 
 
1195 aa  552  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1573  chromosome segregation protein SMC  34.64 
 
 
1142 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00374514  hitchhiker  0.000804403 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1567  chromosome segregation protein SMC  34.17 
 
 
1142 aa  538  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218486  hitchhiker  0.0000000844837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2379  chromosome segregation protein SMC  33.61 
 
 
1141 aa  530  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.882333  unclonable  0.00000367062 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1506  chromosome segregation protein SMC  34.6 
 
 
1142 aa  532  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00012681  hitchhiker  0.00000000387349 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2440  chromosome segregation SMC protein  34.65 
 
 
1109 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129774  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1130  chromosome segregation SMC protein, putative  32.43 
 
 
1175 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3494  chromosome segregation protein SMC  32.92 
 
 
1177 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0101958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0962  chromosome segregation protein SMC  32.34 
 
 
1176 aa  435  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.910781  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3299  chromosome segregation protein SMC  31.38 
 
 
1176 aa  427  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207651 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1174  condensin subunit Smc  30.69 
 
 
1176 aa  420  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.719475  normal  0.690584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3319  chromosome segregation protein SMC  31.28 
 
 
1176 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.240957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2356  chromosome segregation SMC protein  31.4 
 
 
1173 aa  416  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0899656  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1094  chromosome segregation protein SMC  30.11 
 
 
1176 aa  416  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1719  chromosome segregation protein SMC  28.62 
 
 
1204 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.388513  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1365  chromosome segregation protein SMC  27.28 
 
 
1191 aa  385  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0155599  normal  0.552358 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0674  condensin subunit Smc  31.02 
 
 
1199 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0927  condensin subunit Smc  28.03 
 
 
1190 aa  383  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.177469  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3812  chromosome segregation protein SMC  29.52 
 
 
1198 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0696  chromosome segregation protein SMC  26.68 
 
 
1190 aa  373  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.21449  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44680  putative chromosome segregation protein  37.43 
 
 
1162 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0150952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3806  chromosome segregation protein SMC  37.03 
 
 
1162 aa  362  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3702  chromosome segregation protein SMC  30.9 
 
 
1403 aa  355  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.141623  normal  0.135068 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1158  condensin subunit Smc  29.19 
 
 
1187 aa  356  2e-96  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00321236  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0461  chromosome segregation protein SMC  28.09 
 
 
1186 aa  352  2e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07250  chromosome segregation protein SMC  26.28 
 
 
1185 aa  348  4e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283351  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2068  chromosome segregation protein SMC  27.44 
 
 
1186 aa  346  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00912861  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4719  chromosome segregation protein SMC  27.67 
 
 
1176 aa  333  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.430615  normal  0.0169056 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1169  chromosome segregation protein SMC  24.43 
 
 
1177 aa  332  3e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0498  chromosome segregation protein SMC  26.99 
 
 
1185 aa  325  3e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0454  condensin subunit Smc  28.06 
 
 
1184 aa  324  6e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1571  chromosome segregation protein SMC  26.79 
 
 
1170 aa  314  6.999999999999999e-84  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2366  chromosome segregation protein SMC  34.79 
 
 
1145 aa  306  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00122996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30320  chromosome segregation protein SMC  49.35 
 
 
1162 aa  303  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3840  chromosome segregation protein SMC  49.01 
 
 
1162 aa  300  7e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.509302 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1695  chromosome segregation protein SMC  50.87 
 
 
1170 aa  298  5e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.573512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>