More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2379 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_1165  chromosome segregation protein SMC  40.18 
 
 		 1163 aa  698    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2898  SMC family protein  53.39 
 
 		 1145 aa  1048    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3658  chromosome segregation SMC protein, putative  41.03 
 
 		 1162 aa  723    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00743  chromosome segregation protein SMC  37.75 
 
 		 1167 aa  642    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2673  hypothetical protein  37.36 
 
 		 1164 aa  654    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2543  hypothetical protein  37.69 
 
 		 1164 aa  651    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2681  chromosome segregation protein SMC  53.61 
 
 		 1138 aa  1037    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000886702  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1817  SMC protein, N-terminal:structural maintenance of chromosome protein SMC, C-terminal:SMCs flexible hinge  41.22 
 
 		 1162 aa  724    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2026  chromosome segregation SMC protein  40.81 
 
 		 1168 aa  685    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.557942  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1228  condensin subunit Smc  38.08 
 
 		 1165 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2760  chromosome segregation protein SMC  53.97 
 
 		 1138 aa  1037    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.494661  unclonable  0.00000956134 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2656  chromosome segregation protein SMC  53.97 
 
 		 1138 aa  1035    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000574242  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1687  chromosome segregation protein SMC  55.58 
 
 		 1140 aa  1137    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0207263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1514  SMC family protein  51.28 
 
 		 1139 aa  1017    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1703  chromosome segregation protein SMC  53.71 
 
 		 1138 aa  1038    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00557127  hitchhiker  0.00000000707845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2516  chromosome segregation protein SMC  50.38 
 
 		 1138 aa  961    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0576231  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0697  chromosome segregation protein SMC  41.66 
 
 		 1164 aa  735    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2379  chromosome segregation protein SMC  100 
 
 		 1141 aa  2265    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.882333  unclonable  0.00000367062 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30320  chromosome segregation protein SMC  41.75 
 
 		 1162 aa  724    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3806  chromosome segregation protein SMC  41.75 
 
 		 1162 aa  752    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1774  chromosome segregation protein SMC  42.11 
 
 		 1164 aa  748    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21183  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2849  chromosome segregation protein SMC  58.43 
 
 		 1133 aa  1198    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000354618  unclonable  0.0000000590997 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  38.04 
 
 		 1169 aa  678    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1506  chromosome segregation protein SMC  53.95 
 
 		 1142 aa  1058    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00012681  hitchhiker  0.00000000387349 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1573  chromosome segregation protein SMC  53.95 
 
 		 1142 aa  1053    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00374514  hitchhiker  0.000804403 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2463  chromosome segregation protein SMC  50.9 
 
 		 1144 aa  967    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000141924  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  37.39 
 
 		 1169 aa  675    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1736  chromosome segregation protein SMC  53.6 
 
 		 814 aa  688    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00195971  unclonable  0.00000000014199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44680  putative chromosome segregation protein  42.39 
 
 		 1162 aa  762    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0150952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1567  chromosome segregation protein SMC  54.13 
 
 		 1142 aa  1056    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218486  hitchhiker  0.0000000844837 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2366  chromosome segregation protein SMC  52.67 
 
 		 1145 aa  1057    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00122996  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1577  chromosome segregation protein SMC  39.24 
 
 		 1164 aa  682    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0714092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2586  chromosome segregation protein SMC  38.62 
 
 		 1167 aa  639    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67731 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2130  chromosome segregation protein  36.45 
 
 		 1167 aa  628  1e-178  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.157775  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1810  putative chromosome partition protein  37.53 
 
 		 1175 aa  625  1e-177  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2049  chromosome segregation protein SMC  36.56 
 
 		 1167 aa  625  1e-177  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1426  condensin subunit Smc  37.01 
 
 		 1171 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222885  hitchhiker  0.00360124 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2086  chromosome segregation protein SMC  37.34 
 
 		 1174 aa  600  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.87089 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1669  chromosome segregation protein SMC  37.31 
 
 		 1174 aa  599  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3590  chromosome segregation protein SMC  37.15 
 
 		 1204 aa  599  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0968509  normal  0.0336538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2843  chromosome segregation protein SMC  36.21 
 
 		 1175 aa  587  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1814  chromosome segregation protein SMC  36.75 
 
 		 1181 aa  587  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2199  chromosome segregation protein SMC  37.45 
 
 		 1171 aa  586  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1674  chromosome segregation protein SMC  36.98 
 
 		 1198 aa  586  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693113  normal  0.0408996 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0645  chromosome segregation protein SMC  35.84 
 
 		 1190 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2952  chromosome segregation protein SMC  35.88 
 
 		 1171 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0128917  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1457  chromosome segregation protein SMC  34.1 
 
 		 1173 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0501  chromosome segregation protein SMC  33.78 
 
 		 1152 aa  537  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1735  chromosome segregation protein SMC  78.16 
 
 		 299 aa  478  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  hitchhiker  0.00000000153461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1084  chromosome segregation protein SMC  30.3 
 
 		 1187 aa  432  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1975  chromosome segregation protein SMC  30.68 
 
 		 1187 aa  425  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3840  chromosome segregation protein SMC  42.26 
 
 		 1162 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3602  chromosome segregation protein SMC  42.16 
 
 		 1162 aa  406  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4276  chromosome segregation protein SMC  41.85 
 
 		 1162 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01848  Chromosome segregation ATPase, sms  48.12 
 
 		 1195 aa  402  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1592  chromosome segregation protein SMC  42.19 
 
 		 1162 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.843365  normal  0.195769 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1564  condensin subunit Smc  29.17 
 
 		 1185 aa  394  1e-108  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0724  chromosome segregation SMC protein  30.76 
 
 		 1179 aa  392  1e-107  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1799  condensin subunit Smc  41.49 
 
 		 1162 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0884011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2748  condensin subunit Smc  41.14 
 
 		 1162 aa  389  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.928329  normal  0.900394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1695  chromosome segregation protein SMC  55.03 
 
 		 1170 aa  378  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.573512  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0679  chromosome segregation protein SMC  38.6 
 
 		 1168 aa  373  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1879  condensin subunit Smc  37.82 
 
 		 1168 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00135504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3702  chromosome segregation protein SMC  29.81 
 
 		 1403 aa  362  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.141623  normal  0.135068 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1169  chromosome segregation protein SMC  26.43 
 
 		 1177 aa  358  2.9999999999999997e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1066  chromosome segregation protein SMC  30.02 
 
 		 1154 aa  350  9e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0851  chromosome segregation protein SMC  29.41 
 
 		 1179 aa  347  7e-94  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.687128 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1571  chromosome segregation protein SMC  27.43 
 
 		 1170 aa  345  2.9999999999999997e-93  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1637  chromosome segregation protein SMC  27.69 
 
 		 1170 aa  345  4e-93  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1880  chromosome segregation protein SMC  55.34 
 
 		 1165 aa  335  4e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1732  chromosome segregation protein SMC  35.03 
 
 		 1167 aa  334  7.000000000000001e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1270  chromosome segregation protein SMC  38.15 
 
 		 1171 aa  318  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.845906  normal  0.0711674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1334  chromosome segregation protein SMC  63.04 
 
 		 1171 aa  316  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0218063  normal  0.637516 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1888  chromosome segregation protein SMC  48.43 
 
 		 1171 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.531391  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4465  chromosome segregation protein SMC  35.95 
 
 		 1175 aa  315  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2019  chromosome segregation protein SMC  60.16 
 
 		 1170 aa  314  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2192  chromosome segregation protein SMC  38.54 
 
 		 1234 aa  314  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2046  chromosome segregation protein SMC  64.71 
 
 		 1170 aa  313  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.884019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2514  chromosome segregation protein SMC  46.22 
 
 		 1170 aa  313  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0530303 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6051  chromosome segregation protein SMC  64.71 
 
 		 1170 aa  313  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2026  chromosome segregation protein SMC  64.71 
 
 		 1170 aa  313  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.676203  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1346  chromosome segregation protein SMC  51.43 
 
 		 1172 aa  312  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.333304  normal  0.300514 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5336  chromosome segregation protein SMC  64.71 
 
 		 1170 aa  313  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.119827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1928  chromosome segregation protein SMC  64.71 
 
 		 1170 aa  313  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.5125  normal  0.122807 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3246  chromosome segregation protein SMC  64.25 
 
 		 1170 aa  312  2.9999999999999997e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.318712  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1401  condensin subunit Smc  35.15 
 
 		 1168 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.934786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2463  chromosome segregation protein SMC  51.11 
 
 		 1198 aa  311  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00257713  hitchhiker  0.000112531 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1563  chromosome segregation protein SMC  64.25 
 
 		 1170 aa  311  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.438222  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2502  chromosome segregation protein SMC  64.25 
 
 		 1170 aa  311  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.240456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2446  chromosome segregation protein SMC  64.25 
 
 		 1170 aa  311  5e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2065  chromosome segregation protein SMC  63.8 
 
 		 1200 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1337  chromosome segregation protein SMC  63.8 
 
 		 1202 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2592  chromosome segregation protein SMC  63.8 
 
 		 1268 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0653514  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1220  chromosome segregation protein SMC  25.9 
 
 		 1164 aa  308  6e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2440  chromosome segregation SMC protein  46.83 
 
 		 1109 aa  307  1.0000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129774  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1250  chromosome segregation protein SMC  63.35 
 
 		 1206 aa  306  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2594  chromosome segregation protein SMC  61.26 
 
 		 1182 aa  306  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0467  SMC domain-containing protein  56.64 
 
 		 1280 aa  285  5.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2059  chromosome segregation protein SMC  65.8 
 
 		 1142 aa  282  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365444  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0318  condensin subunit Smc  44.89 
 
 		 1307 aa  281  4e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>