235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1787 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 142 aa  294  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  41 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 133 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  29.1 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  28.24 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  32.65 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4381  endoribonuclease L-PSP  38.54 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.901954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 126 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  26.76 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12719  hypothetical protein  36.71 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  29.27 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  37.68 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3029  endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  43.04 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2275  endoribonuclease L-PSP  30.6 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.321934  hitchhiker  0.000000264043 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0414  Endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0954621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  32.65 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  53.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  32.5 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  27.34 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  27.34 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  27.13 
 
 		 131 aa  53.5  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  27.34 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  27.69 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  32.99 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  35.42 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  27.13 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  26.36 
 
 		 128 aa  51.6  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2457  endoribonuclease L-PSP  31.08 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  27.2 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 157 aa  51.6  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  32.35 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 134 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1027  Endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 131 aa  51.2  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 158 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2884  endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 124 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2172  endoribonuclease L-PSP  35.53 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219438  hitchhiker  0.00143266 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  30.21 
 
 		 207 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 136 aa  50.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1158  endoribonuclease L-PSP  27.01 
 
 		 154 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.540125 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 143 aa  50.4  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 127 aa  50.4  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  31.63 
 
 		 131 aa  50.1  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2183  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 122 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.130021  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2229  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 122 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2405  endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.996899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1441  Endoribonuclease L-PSP  29.9 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.202349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3493  Endoribonuclease L-PSP  31.63 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  26.04 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  30.61 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 161 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  29.27 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  30.37 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  33.33 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  28.87 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  29.31 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  30.63 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  27.19 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1452  L-PSP family endoribonuclease  34.38 
 
 		 127 aa  47.4  0.00006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0104737  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  30.71 
 
 		 147 aa  47.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1524  endoribonuclease L-PSP  32.1 
 
 		 121 aa  47.4  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.348757  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3231  Endoribonuclease L-PSP  31.33 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 132 aa  47.4  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 129 aa  47.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 136 aa  47  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.209705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>