More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5211 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  100 
 
 		 145 aa  296  7e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  73.38 
 
 		 140 aa  223  9e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  73.88 
 
 		 142 aa  217  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  71.64 
 
 		 138 aa  213  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  77.86 
 
 		 143 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  70 
 
 		 145 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  75.57 
 
 		 143 aa  209  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  71.85 
 
 		 140 aa  205  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  68.35 
 
 		 143 aa  204  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  70.99 
 
 		 142 aa  199  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  68.35 
 
 		 143 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  68.61 
 
 		 141 aa  199  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  71.76 
 
 		 154 aa  197  5e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  68.15 
 
 		 143 aa  191  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1831  putative 2-aminomuconate deaminase  42.75 
 
 		 132 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  36.84 
 
 		 147 aa  84.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  39.34 
 
 		 129 aa  84  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  39.34 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.35 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  40 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  40.83 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  32.52 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  46.91 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  36.76 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  46.84 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  35.54 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  49.38 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  38.52 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  31.97 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  31.71 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  37.7 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  36.13 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  35.61 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 126 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 123 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  36.36 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 125 aa  72.4  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  45.78 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  33.87 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  34.45 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  32.52 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  32.77 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  41.98 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  45.57 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  36.52 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  36.52 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0317  putative endoribonuclease L-PSP  47.44 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  37.82 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  43.04 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  42.24 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002417  endoribonuclease L-PSP  40.22 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  42.24 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  34.71 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  33.06 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  48.1 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  34.59 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 120 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5320  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  34.09 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  40.74 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  31.71 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>