More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS04783 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  100 
 
 		 125 aa  258  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  100 
 
 		 125 aa  258  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  56 
 
 		 130 aa  145  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  56 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  55.12 
 
 		 129 aa  144  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  55.91 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  57.27 
 
 		 123 aa  136  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  58.18 
 
 		 123 aa  126  9.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  58.18 
 
 		 123 aa  126  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  58.62 
 
 		 94 aa  114  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  50.46 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 129 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 129 aa  103  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 136 aa  103  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  41.27 
 
 		 127 aa  103  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  47.71 
 
 		 126 aa  103  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  48.6 
 
 		 135 aa  101  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  44.88 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  45.38 
 
 		 127 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  45.38 
 
 		 127 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  44.54 
 
 		 127 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  44.54 
 
 		 128 aa  99  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 129 aa  97.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2792  putative endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 127 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 125 aa  97.1  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2875  putative endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 127 aa  96.7  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.732397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  39.68 
 
 		 128 aa  96.3  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  46.79 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 130 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 127 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  45.67 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3222  putative endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 127 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 126 aa  95.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  44.86 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  43.93 
 
 		 126 aa  94.4  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 130 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  44.88 
 
 		 138 aa  93.6  8e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 127 aa  93.6  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  38.74 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  42.48 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  45.28 
 
 		 126 aa  92  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  45.87 
 
 		 124 aa  91.7  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 125 aa  92  3e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 123 aa  91.3  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  42.2 
 
 		 131 aa  91.3  4e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  42.73 
 
 		 148 aa  90.5  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 126 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 166 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 126 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 128 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 125 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 125 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 128 aa  89.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  42.99 
 
 		 123 aa  90.1  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  44.55 
 
 		 126 aa  89.4  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  40.8 
 
 		 128 aa  88.6  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  46.73 
 
 		 126 aa  89  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  43.64 
 
 		 143 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  44.86 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  36.04 
 
 		 128 aa  87.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 128 aa  87.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 126 aa  87.8  5e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  39.64 
 
 		 128 aa  87  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  41.12 
 
 		 125 aa  87  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  39.62 
 
 		 126 aa  87  8e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 125 aa  86.7  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 117 aa  86.7  1e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  42.99 
 
 		 131 aa  86.7  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1845  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 115 aa  85.5  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0574701  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  41.23 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 150 aa  84.3  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  41.51 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  41.51 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0419  endoribonuclease L-PSP  43.4 
 
 		 126 aa  84  6e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.707513  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4796  hypothetical protein  45.28 
 
 		 116 aa  83.6  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.511592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  42.45 
 
 		 129 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>