More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1404 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  100 
 
 		 128 aa  266  8.999999999999999e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  93.65 
 
 		 127 aa  249  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2875  putative endoribonuclease L-PSP  92.86 
 
 		 127 aa  248  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.732397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2792  putative endoribonuclease L-PSP  92.06 
 
 		 127 aa  246  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  89.68 
 
 		 127 aa  239  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  89.68 
 
 		 127 aa  239  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  88.1 
 
 		 127 aa  235  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3222  putative endoribonuclease L-PSP  88.1 
 
 		 127 aa  234  3e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  79.67 
 
 		 126 aa  204  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  75 
 
 		 126 aa  195  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  73.17 
 
 		 148 aa  189  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0742  putative endoribonuclease L-PSP  70.16 
 
 		 129 aa  180  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  58.4 
 
 		 127 aa  150  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  53.66 
 
 		 125 aa  148  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  54.03 
 
 		 126 aa  144  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  54.84 
 
 		 127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  52.76 
 
 		 127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  55.28 
 
 		 124 aa  137  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 126 aa  136  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 126 aa  135  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 126 aa  133  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  50.81 
 
 		 135 aa  132  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0868  YjgF family translation initiation inhibitor  48.41 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000281222  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  52.07 
 
 		 124 aa  131  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  49.18 
 
 		 129 aa  131  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 124 aa  127  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  47.58 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  53.51 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  51.24 
 
 		 124 aa  125  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 126 aa  125  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 124 aa  125  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 		 127 aa  124  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 125 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  47.24 
 
 		 127 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 		 127 aa  124  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 143 aa  124  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  51.75 
 
 		 120 aa  124  6e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  49.59 
 
 		 124 aa  124  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 		 127 aa  124  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  52.63 
 
 		 120 aa  124  6e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  47.97 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  48.78 
 
 		 128 aa  123  8.000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0835  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 126 aa  123  1e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 124 aa  122  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1495  endoribonuclease L-PSP  49.21 
 
 		 133 aa  122  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 		 120 aa  122  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 126 aa  122  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 126 aa  121  3e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 140 aa  121  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 126 aa  121  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 124 aa  121  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  47.58 
 
 		 128 aa  120  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  42.97 
 
 		 128 aa  120  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  47.15 
 
 		 126 aa  120  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  45.97 
 
 		 126 aa  120  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  47.15 
 
 		 128 aa  120  7e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  48.03 
 
 		 127 aa  120  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  49.59 
 
 		 126 aa  120  8e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0419  endoribonuclease L-PSP  46.34 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.707513  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  46.77 
 
 		 129 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2962  endoribonuclease L-PSP  51.24 
 
 		 122 aa  118  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  44.8 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 128 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  48.8 
 
 		 124 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  47.2 
 
 		 126 aa  117  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3510  YjgF-family lipoprotein  45.53 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.14391 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  44.26 
 
 		 126 aa  116  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  45 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 124 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 124 aa  116  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  50 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  47.2 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  43.09 
 
 		 126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  48.31 
 
 		 124 aa  114  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>