More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1409 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 142 aa  294  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  75 
 
 		 143 aa  221  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  73.88 
 
 		 145 aa  217  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  71.22 
 
 		 143 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  70.15 
 
 		 138 aa  209  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  70.9 
 
 		 140 aa  208  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  68.09 
 
 		 143 aa  206  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  71.43 
 
 		 142 aa  203  6e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  68.89 
 
 		 140 aa  202  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  68.57 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  68.15 
 
 		 145 aa  199  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  66.2 
 
 		 143 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  66.18 
 
 		 141 aa  194  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  68.7 
 
 		 143 aa  190  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1831  putative 2-aminomuconate deaminase  43.41 
 
 		 132 aa  114  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  33.59 
 
 		 147 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  30.08 
 
 		 138 aa  73.6  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  37.04 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  32.23 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  30.89 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  34.17 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5320  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  30.58 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  33.33 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 124 aa  67  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  32.17 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  32.17 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  39.24 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  35.11 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  43.04 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  33.85 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  29.17 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  32.52 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  30.58 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  35.88 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  44.12 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  31.71 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  29.27 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  27.97 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2962  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  37.39 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  30.58 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  32.52 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  32.23 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  30.51 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1123  endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 156 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.836096 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  39.22 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0387  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000500244 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 126 aa  62  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2887  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  28.97 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1191  endoribonuclease L-PSP  42.5 
 
 		 227 aa  62  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.42742  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  28.97 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  31.71 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  29.84 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  30.23 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  30.25 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  37.97 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1306  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.566325  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2337  putative endoribonuclease L-PSP  30.17 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>