More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5203 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  100 
 
 		 147 aa  301  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  40.15 
 
 		 143 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  36.84 
 
 		 145 aa  84.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  35.88 
 
 		 143 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  35.88 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  36.03 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  35.88 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1831  putative 2-aminomuconate deaminase  38.17 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 138 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 142 aa  72  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  39.53 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  43.02 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4796  hypothetical protein  35.88 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.511592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3737  endoribonuclease L-PSP  38.37 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1160  hypothetical protein  37.21 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4499  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04111  ketoacid-binding protein  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3751  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0434  putative endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5765  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0498  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4724  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04075  hypothetical protein  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4816  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4840  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  38.17 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3768  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  36.5 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0365  endoribonuclease L-PSP  36.05 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  33.58 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4840  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  32.06 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4711  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.31675 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4861  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00590  mitochondrial genome maintenance-related protein, putative  30.83 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0239835  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  35.38 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4805  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3521  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.757048  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4742  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0543  putative endoribonuclease L-PSP  37.66 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  36.15 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  31.54 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0093  Endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0445  putative endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.013198 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4261  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  33.6 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01480  Brt1, putative  31.06 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.683289  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  36.09 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0691  Endoribonuclease L-PSP  42.35 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  38.82 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  35.88 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  31.54 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2171  endoribonuclease L-PSP  37 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  0.0971944 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4890  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  32.23 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  32.79 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6409  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  31.54 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6240  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6642  endoribonuclease L-PSP  36.63 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 125 aa  54.7  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2094  hypothetical protein  36.56 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>