More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2869 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 119 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  82.79 
 
 		 132 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  82.79 
 
 		 126 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  82.79 
 
 		 126 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  74.59 
 
 		 127 aa  185  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4327  endoribonuclease L-PSP  77.05 
 
 		 127 aa  166  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2382  endoribonuclease L-PSP  73.02 
 
 		 126 aa  159  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433224  hitchhiker  0.00030992 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  61.34 
 
 		 128 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  42.16 
 
 		 140 aa  84  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  43.43 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  42.16 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  43 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  44 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0812  endoribonuclease L-PSP  41 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  43.3 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  43 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  37.62 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  42 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  41.25 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  40 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  36.36 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  35.85 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1309  endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.264768  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1966  endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.533564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1494  endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2023  endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.201612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  44.94 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1962  endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  39 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  43.9 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  42.5 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1989  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 115 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  44.16 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  35.63 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  35.77 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  34.91 
 
 		 120 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  40 
 
 		 127 aa  67  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  37 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  41.38 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  36 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  41.38 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2337  putative endoribonuclease L-PSP  37.65 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394631 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  35.71 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  38.82 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  33.96 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  43.02 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  34 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1306  endoribonuclease L-PSP  39.77 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.566325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  37.25 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2792  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2875  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.732397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  39.53 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  35 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1345  endoribonuclease  32.71 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0475282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05543  conserved hypothetical protein  45.16 
 
 		 116 aa  64.3  0.0000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00417215  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01779  hypothetical protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.893197  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2536  endoribonuclease L-PSP family protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0868618  normal  0.902173 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2036  endoribonuclease L-PSP family protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.818249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01767  hypothetical protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.712473  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1379  endoribonuclease L-PSP family protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618035  normal  0.177039 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2069  endoribonuclease L-PSP family protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1897  endoribonuclease L-PSP family protein  37.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0691  Endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 116 aa  63.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2227  Endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.39224  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0475  endoribonuclease L-PSP  40.24 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2281  translation initiation inhibitor  38.24 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  39.53 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3222  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  41.46 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>