More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3741 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 126 aa  256  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  54.4 
 
 		 127 aa  138  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  44.35 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3155  endoribonuclease L-PSP  40.32 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.303963  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  45.71 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  40.98 
 
 		 140 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  44.76 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  45.54 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 129 aa  80.1  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  44.12 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  40.71 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  39.47 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0812  endoribonuclease L-PSP  41.75 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1711  endoribonuclease L-PSP  41.23 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.38982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  38.83 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 128 aa  76.6  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3089  endoribonuclease L-PSP  34.75 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  44.32 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  40.59 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  38.74 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  39.6 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25710  endoribonuclease L-PSP, putative  42.11 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  42.16 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  41.67 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  39.13 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  36.19 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 124 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  36.52 
 
 		 127 aa  70.1  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  38.61 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  35.4 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  37.1 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2625  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318955  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  36.56 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  43.9 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  38.89 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  35.29 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  40.19 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  41.86 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5866  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710813  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  37.39 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  42.27 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  42 
 
 		 128 aa  68.6  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  35.71 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  38.89 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  35.59 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  35.48 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  38 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 127 aa  67  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  33.94 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  35.48 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  33.03 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  37.74 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  36.27 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  38.64 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  42.35 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  38.18 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  42.35 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  41.05 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  37.84 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  37.84 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  35.96 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>