More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2689 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  100 
 
 		 123 aa  249  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  99.19 
 
 		 123 aa  246  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  81.67 
 
 		 132 aa  204  5e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  79.34 
 
 		 132 aa  201  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  77.87 
 
 		 127 aa  200  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  79.17 
 
 		 130 aa  197  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  78.33 
 
 		 129 aa  196  6e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0812  endoribonuclease L-PSP  74.8 
 
 		 129 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  78.33 
 
 		 132 aa  192  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  69.92 
 
 		 125 aa  184  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  61.79 
 
 		 140 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3155  endoribonuclease L-PSP  47.15 
 
 		 125 aa  108  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.303963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2973  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.242099  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1322  translation initiation inhibitor  44.72 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3098  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.807928  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2281  translation initiation inhibitor  43.09 
 
 		 209 aa  101  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  47.17 
 
 		 126 aa  96.7  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  46.34 
 
 		 135 aa  94.4  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3089  endoribonuclease L-PSP  39.34 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  46.08 
 
 		 126 aa  90.1  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  46.6 
 
 		 128 aa  87.4  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2075  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  40.5 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 127 aa  86.7  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  39.22 
 
 		 125 aa  85.9  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  45.71 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  43.14 
 
 		 151 aa  84.3  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  42.16 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  45.45 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  46.46 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  46.46 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  46.46 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  43.81 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  46.81 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  42.16 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  41.28 
 
 		 148 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  38.61 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  39.6 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  40.45 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  38.71 
 
 		 125 aa  75.9  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  45.05 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  40.45 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  40.45 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  38.83 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  39.33 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  40.45 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  40.45 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  45.69 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 151 aa  73.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  38.26 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  41.07 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  42.11 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 127 aa  73.6  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  44.44 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  39.42 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  73.6  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  39.33 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 125 aa  72.4  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  39.22 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  43.16 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 128 aa  72.4  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  40.91 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0434  putative endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  35.35 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  42.27 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0498  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1160  hypothetical protein  37.93 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>