More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2314 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  100 
 
 
143 aa  290  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 
127 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  45.67 
 
 
127 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 
127 aa  124  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  46.46 
 
 
127 aa  124  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 
127 aa  123  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 
127 aa  121  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  46.77 
 
 
128 aa  120  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  46.77 
 
 
126 aa  120  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  44.88 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  45.67 
 
 
129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  42.52 
 
 
127 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  47.54 
 
 
128 aa  118  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  46.03 
 
 
127 aa  117  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 
127 aa  117  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  48.39 
 
 
128 aa  117  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  45.16 
 
 
128 aa  117  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 
126 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 
126 aa  116  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  46.77 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  47.62 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  40.94 
 
 
127 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  114  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  42.74 
 
 
129 aa  114  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 
127 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  46.03 
 
 
126 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  44.35 
 
 
128 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  41.6 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  44.26 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  44.44 
 
 
126 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  43.9 
 
 
128 aa  111  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  43.09 
 
 
128 aa  110  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  46.03 
 
 
126 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  43.2 
 
 
128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  46.03 
 
 
126 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  40.8 
 
 
151 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 
151 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  43.55 
 
 
129 aa  107  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  39.52 
 
 
130 aa  107  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 
128 aa  107  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  43.65 
 
 
126 aa  106  8.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 
130 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 
127 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  42.86 
 
 
148 aa  102  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  42.15 
 
 
126 aa  101  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  43.09 
 
 
125 aa  100  6e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 
127 aa  100  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 
126 aa  99.4  1e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 
126 aa  99.8  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 
129 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 
127 aa  97.4  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  42.28 
 
 
126 aa  96.7  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 
125 aa  95.9  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  39.5 
 
 
129 aa  95.9  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 
126 aa  95.5  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 
129 aa  95.9  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 
126 aa  94.7  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 
143 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  42.28 
 
 
126 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 
131 aa  94  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 
126 aa  93.6  8e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 
126 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 
126 aa  90.9  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  39.17 
 
 
127 aa  90.9  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 
134 aa  90.5  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 
126 aa  90.9  6e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 
125 aa  90.1  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 
124 aa  90.1  8e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 
124 aa  90.1  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2625  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 
134 aa  90.1  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318955  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 
126 aa  89.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 
126 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0664  endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 
129 aa  89  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 
128 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 
129 aa  88.2  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 
125 aa  87.8  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 
124 aa  87  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0470  endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 
126 aa  86.3  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.720081  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 
124 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 
126 aa  86.3  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 
124 aa  86.7  1e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 
125 aa  86.3  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 
125 aa  85.5  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 
126 aa  85.5  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2982  Endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 
123 aa  85.5  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 
124 aa  85.5  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 
126 aa  85.9  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  36.59 
 
 
126 aa  85.9  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>