More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3500 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 127 aa  259  8e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  95.28 
 
 		 127 aa  248  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  93.7 
 
 		 127 aa  246  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  87.4 
 
 		 127 aa  236  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  88.98 
 
 		 127 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  85.04 
 
 		 127 aa  228  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  86.61 
 
 		 127 aa  227  5e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  85.04 
 
 		 127 aa  223  9e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  85.04 
 
 		 127 aa  223  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  85.04 
 
 		 127 aa  223  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  84.25 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  84.25 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  83.46 
 
 		 127 aa  221  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  83.46 
 
 		 127 aa  221  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  84.25 
 
 		 127 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  81.89 
 
 		 127 aa  217  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  74.59 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 128 aa  191  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  72.58 
 
 		 128 aa  190  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  72.95 
 
 		 126 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  71.65 
 
 		 128 aa  189  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  70.97 
 
 		 127 aa  188  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  72.13 
 
 		 126 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  72.13 
 
 		 126 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  72.13 
 
 		 126 aa  187  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  72.13 
 
 		 126 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  70.16 
 
 		 127 aa  186  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 126 aa  186  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  72.95 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  68.55 
 
 		 126 aa  178  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  69.67 
 
 		 127 aa  177  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  72 
 
 		 128 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  69.35 
 
 		 129 aa  177  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  65.6 
 
 		 129 aa  176  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  67.74 
 
 		 126 aa  176  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  66.39 
 
 		 126 aa  174  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  64.75 
 
 		 128 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  65.57 
 
 		 126 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  66.4 
 
 		 127 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  64.52 
 
 		 128 aa  171  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  62.81 
 
 		 128 aa  167  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  61.98 
 
 		 128 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  63.2 
 
 		 129 aa  158  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  59.84 
 
 		 130 aa  155  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  60.66 
 
 		 128 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  63.71 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  62.9 
 
 		 127 aa  153  7e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  63.11 
 
 		 126 aa  153  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  59.66 
 
 		 129 aa  146  9e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  54.03 
 
 		 130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0470  endoribonuclease L-PSP  65.6 
 
 		 126 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.720081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  55.46 
 
 		 126 aa  141  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  56.56 
 
 		 126 aa  141  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  55.46 
 
 		 126 aa  141  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  56.2 
 
 		 128 aa  137  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  54.17 
 
 		 151 aa  135  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  54.17 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  50.41 
 
 		 129 aa  133  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  50.41 
 
 		 129 aa  133  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  51.22 
 
 		 131 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  50.42 
 
 		 126 aa  131  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 127 aa  130  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  48.72 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  45.67 
 
 		 143 aa  124  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 132 aa  123  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  48.78 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  52.1 
 
 		 125 aa  121  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  46.22 
 
 		 126 aa  121  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 128 aa  120  8e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  50.41 
 
 		 130 aa  119  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  45 
 
 		 127 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 127 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  46.28 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 126 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  41.8 
 
 		 143 aa  118  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  47.93 
 
 		 126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 124 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  49.15 
 
 		 124 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  46.22 
 
 		 125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  47.97 
 
 		 131 aa  117  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  44.72 
 
 		 127 aa  117  7e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  44.83 
 
 		 125 aa  116  7.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 124 aa  116  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  44.63 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  47.46 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  49.15 
 
 		 124 aa  115  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  47.46 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  44.92 
 
 		 126 aa  114  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  47.5 
 
 		 127 aa  114  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  41.32 
 
 		 126 aa  113  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  42.62 
 
 		 125 aa  113  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  45.97 
 
 		 135 aa  113  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  50.41 
 
 		 131 aa  113  7.999999999999999e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  41.88 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  42.62 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>