More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2275 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 126 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 126 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  85.6 
 
 		 127 aa  226  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4327  endoribonuclease L-PSP  84.8 
 
 		 127 aa  204  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  82.79 
 
 		 119 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2382  endoribonuclease L-PSP  83.2 
 
 		 126 aa  200  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433224  hitchhiker  0.00030992 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  63.03 
 
 		 128 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  42 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  46.39 
 
 		 123 aa  85.9  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  42.42 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0812  endoribonuclease L-PSP  46 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 140 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 129 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  46 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  46.46 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  39.39 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  38.02 
 
 		 135 aa  78.6  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  45 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  38.71 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  43 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  43 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  41 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  43 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3089  endoribonuclease L-PSP  37.37 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  41.75 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  36.21 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  36.21 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 117 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2792  putative endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  35.35 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 120 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2066  Endoribonuclease L-PSP  43.96 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.582697  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  41.3 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  37.11 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2875  putative endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.732397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  41.3 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  39 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  43 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0742  putative endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  38.61 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  38.61 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  40.22 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  40.82 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  41.3 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1711  endoribonuclease L-PSP  36.27 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.38982  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  34.48 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  37.76 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  42.05 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  35.63 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 124 aa  67  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  40.22 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 125 aa  67  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  45.24 
 
 		 127 aa  67  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  40.22 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0835  endoribonuclease L-PSP  37 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  39.42 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  35.05 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  36.73 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3222  putative endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  36.73 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  39.8 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  39.18 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 151 aa  65.5  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  36.73 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  36.73 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  33.94 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  41.49 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  36.73 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5866  endoribonuclease L-PSP  42.5 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710813  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  39.77 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  43.53 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  29.29 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>