More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3740 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 127 aa  256  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  54.4 
 
 		 126 aa  138  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3155  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 125 aa  99.8  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.303963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 140 aa  92  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  40.94 
 
 		 126 aa  84.3  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 128 aa  80.5  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  44.04 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  39.52 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 128 aa  79  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 126 aa  78.2  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3089  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 123 aa  78.2  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  36.51 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  37.1 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  39.45 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2281  translation initiation inhibitor  43.36 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  38.89 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  39.45 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  41.51 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  36.61 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  44.68 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1322  translation initiation inhibitor  42.48 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2973  endoribonuclease L-PSP  42.48 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.242099  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3098  endoribonuclease L-PSP  42.48 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.807928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  38.71 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  48.81 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  35.71 
 
 		 128 aa  73.6  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 126 aa  73.6  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  37.04 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  38.76 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  41.51 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 128 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  39.58 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  41.6 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 151 aa  70.9  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07040  conserved hypothetical protein  38.32 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  40.43 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 124 aa  70.1  0.000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  39.62 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  36.94 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  39.64 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  31.4 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  35.14 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  35.11 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  37.23 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  41.11 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  42.5 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  39.52 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  37.9 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  41.11 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  34.15 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  33.04 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0387  endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000500244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  30.58 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  33.05 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  39.64 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  38.82 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  38.68 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  36.94 
 
 		 125 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  36.94 
 
 		 125 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25710  endoribonuclease L-PSP, putative  39.47 
 
 		 130 aa  67  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40.35 
 
 		 129 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  40.65 
 
 		 125 aa  67  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>