More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2009 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 143 aa  297  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  71.64 
 
 		 140 aa  209  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  68.79 
 
 		 143 aa  205  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  70.9 
 
 		 138 aa  202  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  66.43 
 
 		 143 aa  201  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  68.35 
 
 		 145 aa  199  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  66.2 
 
 		 142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  67.18 
 
 		 140 aa  189  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  66.67 
 
 		 145 aa  187  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  65.44 
 
 		 143 aa  186  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  68.42 
 
 		 154 aa  182  9e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  66.17 
 
 		 142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  60.14 
 
 		 141 aa  177  4.999999999999999e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  62.6 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1831  putative 2-aminomuconate deaminase  43.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  38.02 
 
 		 127 aa  84.3  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 125 aa  83.2  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  35.25 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  32.79 
 
 		 138 aa  80.1  0.000000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  38.26 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  38.26 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  35 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1323  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 136 aa  76.6  0.00000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  36.64 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  32.79 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  35.54 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  37.6 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  33.61 
 
 		 131 aa  74.3  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  32.12 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  34.96 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  32.73 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  40.17 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  32.23 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  31.93 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 151 aa  72  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  28 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  33.33 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  34.15 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  32.33 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  34.17 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  34.15 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  31.11 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  35.07 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0317  putative endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 84 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1473  endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0835  endoribonuclease L-PSP  29.32 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1053  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  31.58 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>