More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_3572 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
140 aa  283  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
140 aa  283  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 
140 aa  283  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  90 
 
 
140 aa  259  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  88.81 
 
 
136 aa  245  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  88.81 
 
 
136 aa  244  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 
131 aa  96.7  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 
133 aa  93.6  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 
133 aa  91.3  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 
131 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  38.28 
 
 
402 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  44.92 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  40.83 
 
 
129 aa  84.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  41.59 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  35.77 
 
 
131 aa  80.5  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  42 
 
 
128 aa  80.9  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  37.31 
 
 
137 aa  80.1  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 
133 aa  79  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 
131 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 
394 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 
131 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 
131 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 
128 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  42.97 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 
128 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 
132 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2269  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 
126 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  39.37 
 
 
135 aa  73.9  0.0000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 
134 aa  73.6  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 
132 aa  72.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 
128 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 
134 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 
132 aa  70.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 
128 aa  70.9  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 
124 aa  70.9  0.000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 
124 aa  70.1  0.000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  39.22 
 
 
127 aa  70.1  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  40.59 
 
 
129 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  35.83 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  33.6 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 
125 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 
129 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  33 
 
 
128 aa  68.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3493  Endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  33.85 
 
 
127 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  45.68 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  33 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  36.76 
 
 
143 aa  67  0.00000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 
127 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 
127 aa  67  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  33.94 
 
 
129 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  32.74 
 
 
128 aa  67  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  39.56 
 
 
145 aa  66.6  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 
131 aa  67  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  35.29 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  31.86 
 
 
143 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  35.29 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 
126 aa  65.9  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  32.11 
 
 
127 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  38.82 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 
129 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  33.33 
 
 
127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  36.9 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 
131 aa  65.1  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 
123 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  31.15 
 
 
125 aa  64.7  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  37.82 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 
126 aa  64.7  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 
127 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 
126 aa  64.3  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  37.5 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  34.53 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 
125 aa  63.9  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>