More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0684 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  265  2e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  82.44 
 
 		 131 aa  226  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1027  Endoribonuclease L-PSP  86.26 
 
 		 131 aa  221  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  78.63 
 
 		 131 aa  211  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  77.1 
 
 		 131 aa  207  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  76.34 
 
 		 131 aa  202  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3493  Endoribonuclease L-PSP  73.28 
 
 		 133 aa  192  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  51.15 
 
 		 131 aa  140  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  52.31 
 
 		 133 aa  140  8e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2914  Endoribonuclease L-PSP  45.97 
 
 		 142 aa  111  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000821115  hitchhiker  0.0000516213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5403  Endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 129 aa  97.1  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411784  normal  0.0560787 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3956  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 129 aa  97.1  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1772  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  33.83 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6728  Endoribonuclease L-PSP  36.57 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.371107 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  36.3 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  35.88 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  39.77 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 		 134 aa  60.1  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  36.89 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  35.56 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34570  putative translation initiation inhibitor, yjgF family  31.54 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00491284  normal  0.846357 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  26.92 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4240  endoribonuclease L-PSP  34.81 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.209705 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  25.95 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  33.33 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  33.33 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  38.61 
 
 		 207 aa  57.4  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  33.61 
 
 		 132 aa  57  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  28.12 
 
 		 154 aa  57  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  34.56 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  34.56 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  25.19 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2995  endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2305  endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220286  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  32.5 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  32.5 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  28.95 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  32.5 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  32.5 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2378  endoribonuclease L-PSP  26.71 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  32.5 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4268  Endoribonuclease L-PSP  33.09 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0107322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  32.5 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2440  endoribonuclease L-PSP  28.89 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.863509  normal  0.289698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  27.64 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  32.09 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  34.31 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  37.25 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  25.19 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  25.76 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  32.67 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2820  Endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678255  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1661  Endoribonuclease L-PSP  27.46 
 
 		 152 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3456  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3975  hypothetical protein  27.86 
 
 		 153 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.123478 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  37.36 
 
 		 129 aa  52.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  34 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1859  endoribonuclease L-PSP  27.86 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  30.39 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  34.31 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>