More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5043 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  275  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  72.52 
 
 		 131 aa  203  5e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  71.32 
 
 		 130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  70.45 
 
 		 131 aa  197  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  61.07 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  64.39 
 
 		 134 aa  171  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  61.42 
 
 		 132 aa  169  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 137 aa  167  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  59.54 
 
 		 132 aa  167  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  61.19 
 
 		 137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  60.47 
 
 		 130 aa  157  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  60.47 
 
 		 130 aa  157  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  54.96 
 
 		 130 aa  155  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  56.59 
 
 		 131 aa  154  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  56.82 
 
 		 132 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  56.15 
 
 		 131 aa  153  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  56.15 
 
 		 142 aa  152  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  57.58 
 
 		 136 aa  152  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 130 aa  153  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  54.2 
 
 		 131 aa  152  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 130 aa  153  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  54.62 
 
 		 131 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  57.48 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  52.71 
 
 		 130 aa  148  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  53.85 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  53.12 
 
 		 148 aa  140  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  47.33 
 
 		 131 aa  136  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  53.97 
 
 		 142 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  46.92 
 
 		 133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  45.38 
 
 		 133 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 133 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  34.35 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 137 aa  84.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  43.1 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  35.11 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  33.02 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  30.15 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  31.15 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  35.43 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 141 aa  60.1  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 155 aa  60.1  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21490  endoribonuclease L-PSP, putative  37.07 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  39.02 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0517  Endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3587  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  34.51 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4515  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  35.4 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  32.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  32.2 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0382  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395966  normal  0.101256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1528  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 157 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  34.48 
 
 		 132 aa  57  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  32.69 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  29.2 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  35.83 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1441  Endoribonuclease L-PSP  30.48 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.202349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  26.55 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>