More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5093 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  271  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  66.15 
 
 		 131 aa  188  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  61.72 
 
 		 137 aa  174  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  61.65 
 
 		 134 aa  173  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  61.72 
 
 		 130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  59.54 
 
 		 132 aa  167  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  57.03 
 
 		 132 aa  165  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  60.15 
 
 		 137 aa  164  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  63.78 
 
 		 148 aa  161  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  58.46 
 
 		 131 aa  159  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  59.23 
 
 		 131 aa  159  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  59.38 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  59.85 
 
 		 136 aa  158  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  54.62 
 
 		 131 aa  158  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  61.42 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  56.35 
 
 		 131 aa  157  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  59.38 
 
 		 130 aa  156  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  59.38 
 
 		 130 aa  156  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 		 131 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  57.69 
 
 		 132 aa  152  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  57.03 
 
 		 130 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  54.69 
 
 		 130 aa  146  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  50.39 
 
 		 130 aa  143  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  52.71 
 
 		 130 aa  141  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  48.46 
 
 		 131 aa  141  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  48.44 
 
 		 131 aa  140  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  49.61 
 
 		 142 aa  135  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  43.85 
 
 		 134 aa  126  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  46.92 
 
 		 133 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  46.56 
 
 		 133 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  47.69 
 
 		 133 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 134 aa  80.9  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  28.68 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  29.37 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  35 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  33.9 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0517  Endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  34.81 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  32.46 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  30.22 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  33.94 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4268  Endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0107322  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3737  endoribonuclease L-PSP  32.41 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002417  endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  36.9 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  31.82 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  36.9 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  38.27 
 
 		 128 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  31.82 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03649  hypothetical protein  31.5 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  27.48 
 
 		 161 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  51.2  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 162 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4166  putative endoribonuclease L-PSP  31.43 
 
 		 128 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>