295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3838 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  264  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  264  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  90.77 
 
 		 130 aa  243  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  85.38 
 
 		 130 aa  230  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  66.92 
 
 		 134 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  63.28 
 
 		 131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  60.16 
 
 		 131 aa  166  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  55.81 
 
 		 137 aa  163  9e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  59.2 
 
 		 131 aa  159  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  56.15 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  61.65 
 
 		 137 aa  158  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  57.69 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  58.27 
 
 		 132 aa  157  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  56.92 
 
 		 130 aa  157  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  60.15 
 
 		 136 aa  156  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  59.38 
 
 		 132 aa  156  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  57.48 
 
 		 131 aa  155  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 132 aa  153  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  56.92 
 
 		 131 aa  152  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  53.08 
 
 		 130 aa  149  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  55.04 
 
 		 131 aa  148  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  53.85 
 
 		 130 aa  147  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  52.71 
 
 		 131 aa  143  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  53.49 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  49.22 
 
 		 142 aa  129  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  52.38 
 
 		 142 aa  130  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 131 aa  117  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  43.31 
 
 		 134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  45.04 
 
 		 133 aa  103  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  44.27 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  43.51 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  32.31 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  34.07 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4515  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  33.9 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  35.88 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1191  endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 227 aa  57.8  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.42742  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  29.6 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 138 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  33.9 
 
 		 129 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  33.03 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3942  endoribonuclease L-PSP  38.79 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  29.25 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  32 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  32 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 127 aa  53.5  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  28.03 
 
 		 162 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  28.79 
 
 		 161 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 131 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 131 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  33.33 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  34.86 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5545  Endoribonuclease L-PSP  29.84 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 145 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 145 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  34.17 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  34.17 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  29.6 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 131 aa  52  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0012  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1160  hypothetical protein  34.51 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2263  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 129 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598957  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>