More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2196 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 137 aa  283  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2178  endoribonuclease L-PSP  87.5 
 
 		 136 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  79.85 
 
 		 134 aa  226  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3623  endoribonuclease L-PSP  63.43 
 
 		 131 aa  175  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.450254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  60.45 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4018  endoribonuclease L-PSP  60.45 
 
 		 131 aa  166  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693135  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5093  endoribonuclease L-PSP  60.15 
 
 		 132 aa  164  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  61.19 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  61.65 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  61.65 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3169  endoribonuclease L-PSP  60.15 
 
 		 130 aa  158  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00329207  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  60.9 
 
 		 130 aa  156  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  53.38 
 
 		 132 aa  152  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0498  endoribonuclease L-PSP  54.89 
 
 		 130 aa  150  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0754281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2117  Endoribonuclease L-PSP  51.52 
 
 		 137 aa  150  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.413824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2480  endoribonuclease L-PSP  52.24 
 
 		 131 aa  149  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0276  putative aerobic 2-aminobenzoate  53.33 
 
 		 131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  51.88 
 
 		 131 aa  142  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7162  Endoribonuclease L-PSP  50.75 
 
 		 131 aa  141  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0743912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  53.38 
 
 		 148 aa  136  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4074  endoribonuclease L-PSP  49.62 
 
 		 132 aa  135  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2231  endoribonuclease L-PSP  49.24 
 
 		 131 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  47.76 
 
 		 130 aa  134  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  50.76 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  51.15 
 
 		 134 aa  132  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  51.91 
 
 		 142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  49.62 
 
 		 130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  46.27 
 
 		 130 aa  131  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  47.76 
 
 		 133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  47.01 
 
 		 133 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  44.78 
 
 		 133 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  32.33 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2159  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.741048 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5521  Endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.174544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  35.07 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1397  Endoribonuclease L-PSP  31.11 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.492198  decreased coverage  0.000402676 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0304  Endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.4542  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0382  endoribonuclease L-PSP  29.32 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395966  normal  0.101256 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  33.98 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  29.85 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1579  endoribonuclease L-PSP, putative  33.98 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0655756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  27.54 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  33.58 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  29.85 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  31.53 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0262  putative endoribonuclease L-PSP  33.01 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  28.1 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  31.15 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  32.08 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  32.82 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  27.54 
 
 		 144 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  36.19 
 
 		 124 aa  57  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  28.8 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0093  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 154 aa  57  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0468551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  28.26 
 
 		 138 aa  57  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  30.25 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4515  endoribonuclease L-PSP  25 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  29.1 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  26.81 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  26.81 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  28.36 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  29.73 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  29.73 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  27.61 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  28.1 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  32.59 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  33.09 
 
 		 128 aa  53.5  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  27.21 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  26.09 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>