More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2347 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 138 aa  288  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  98.55 
 
 		 138 aa  284  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  94.89 
 
 		 138 aa  273  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  91.3 
 
 		 139 aa  268  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  90.44 
 
 		 145 aa  265  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  97.69 
 
 		 130 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  86.76 
 
 		 140 aa  257  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  86.76 
 
 		 140 aa  257  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  86.03 
 
 		 144 aa  257  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  85.93 
 
 		 145 aa  255  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6043  endoribonuclease L-PSP  85.93 
 
 		 145 aa  254  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143152  hitchhiker  0.000408683 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  85.19 
 
 		 138 aa  253  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  85.19 
 
 		 145 aa  253  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  84.44 
 
 		 145 aa  252  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  84.44 
 
 		 145 aa  252  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  83.7 
 
 		 149 aa  252  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  85.93 
 
 		 145 aa  251  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  84.44 
 
 		 145 aa  249  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  83.82 
 
 		 136 aa  248  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  62.22 
 
 		 140 aa  182  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3227  endoribonuclease L-PSP  58.7 
 
 		 140 aa  178  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.841476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4515  endoribonuclease L-PSP  60.74 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  59.42 
 
 		 149 aa  177  5.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2576  endoribonuclease L-PSP  62.12 
 
 		 139 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.289994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3456  endoribonuclease L-PSP  52.59 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  46.72 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 129 aa  81.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 136 aa  67  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3547  hypothetical protein  33.68 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.7424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  33.01 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  37.04 
 
 		 126 aa  62  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  30.84 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  28.85 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  36.11 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 394 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  35.85 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1773  Endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00826992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  35.85 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  28.46 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  34.86 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  28.46 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  48.44 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  34.86 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  30.4 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  33.02 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0823  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3991  Endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79301  normal  0.524999 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  32.04 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2374  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0868  YjgF family translation initiation inhibitor  37.25 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000281222  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2738  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.122458  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  35.64 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  31.78 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0031  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  26.61 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  27.52 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2099  Endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  30.84 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  34.55 
 
 		 126 aa  57.4  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  31.53 
 
 		 402 aa  57.4  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 124 aa  57  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3838  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.481327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3951  Endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0816657 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  34.26 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3612  hypothetical protein  35.45 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5525  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 106 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>