More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2780 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  265  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  41.32 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 128 aa  87.4  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 127 aa  87  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  36.94 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  29.6 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  43.97 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  43.97 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  32.8 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 145 aa  72  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1473  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  42.98 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4884  Endoribonuclease L-PSP  37.59 
 
 		 142 aa  72  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0746987 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 124 aa  70.1  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5909  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  41.9 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  37.39 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4365  endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  36.15 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0900  hypothetical protein  36.89 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  40.34 
 
 		 130 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 133 aa  67  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 132 aa  67  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  40.19 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  39.32 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3697  endoribonuclease L-PSP  35.07 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.447447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3465  hypothetical protein  39.05 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3574  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  40.37 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2200  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  41 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  40.37 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1787  endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  38.83 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1330  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.805737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0419  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.707513  normal  0.116947 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  30.69 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3032  endoribonuclease L-PSP  37.72 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  38.24 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  30.69 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2962  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  36.79 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  35.78 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3094  Endoribonuclease L-PSP  35.25 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  33.64 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>