More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3051 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  267  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 129 aa  103  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 130 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 129 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  37.1 
 
 		 129 aa  92.8  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1982  Endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 119 aa  83.6  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.619306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 131 aa  83.6  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 131 aa  81.3  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  37.93 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  36.21 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 131 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  36.15 
 
 		 134 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  33.85 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  31.36 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  32.74 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  32.74 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  32.74 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.35 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  39.6 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  34.38 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  34.38 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  32.54 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  35.58 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3737  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0445  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.013198 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  32.76 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 123 aa  62  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2496  endoribonuclease, inhibits protein synthesis  34.51 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.591272  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2605  endoribonuclease L-PSP  31.67 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.615726  normal  0.989955 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0434  putative endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3587  hypothetical protein  32.31 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0498  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  37.65 
 
 		 129 aa  60.1  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4816  putative endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 128 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04111  ketoacid-binding protein  35.83 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3751  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0234  Endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  35.92 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04075  hypothetical protein  35.83 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0365  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5765  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0517  Endoribonuclease L-PSP  37.19 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3768  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4724  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4499  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  34.71 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  32.23 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  36.47 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1160  hypothetical protein  35.83 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0673  hypothetical protein  36 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4840  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  31.71 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  29.66 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  35.42 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4840  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4711  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.31675 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002417  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4742  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4861  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4805  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  26.32 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>