247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3558 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  100 
 
 		 129 aa  262  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  79.07 
 
 		 130 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  78.29 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  53.39 
 
 		 131 aa  132  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 132 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 129 aa  127  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  49.59 
 
 		 129 aa  122  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 128 aa  117  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  37.1 
 
 		 132 aa  92.8  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 131 aa  87.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 127 aa  80.9  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2553  hypothetical protein  44.94 
 
 		 100 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  36 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  33.33 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 394 aa  68.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  27.87 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  29.27 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  29.27 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  29.27 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  34.11 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  31.58 
 
 		 207 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  44.05 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  37.65 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  28.46 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  29.51 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  38.55 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  32.79 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  38.55 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  31.01 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  36.47 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6288  Endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.296656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  35.79 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  32.8 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  28.21 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1346  hypothetical protein  31.76 
 
 		 129 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  31.2 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5894  Endoribonuclease L-PSP  27.73 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151505  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  32.54 
 
 		 402 aa  55.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  28.8 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  28.8 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4068  endoribonuclease L-PSP  39.76 
 
 		 405 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.611141  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1223  YjgF family translation initiation inhibitor  37.65 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.871346  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7869  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1952  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0512  endoribonuclease L-PSP  31.07 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1925  Endoribonuclease L-PSP  32.35 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 136 aa  52.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  24.41 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5379  isochorismatase hydrolase/endoribonuclease L-PSP  34.34 
 
 		 377 aa  52  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126224  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3749  endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0521312  normal  0.178037 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  32.04 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  25.4 
 
 		 134 aa  50.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  32.71 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 131 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  34.41 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  32.67 
 
 		 132 aa  50.1  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4835  endoribonuclease L-PSP  30.59 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2660  endoribonuclease L-PSP  37.65 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.680061  normal  0.801183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>