More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0180 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  268  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  49.21 
 
 		 138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 		 137 aa  136  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  50.78 
 
 		 137 aa  130  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  50.78 
 
 		 137 aa  130  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  53.97 
 
 		 132 aa  130  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  48.8 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  48.8 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  48.8 
 
 		 137 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  49.22 
 
 		 137 aa  124  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 132 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 132 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 132 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  42.19 
 
 		 132 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  41.86 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 133 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 130 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  38.4 
 
 		 132 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  37.61 
 
 		 207 aa  94.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  40.31 
 
 		 130 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  36.75 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  36.75 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 132 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  38.21 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  38.21 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  38.84 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  38.21 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  38.21 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  38.21 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  37.8 
 
 		 135 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  38.21 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0093  endoribonuclease L-PSP  33.58 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0468551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  36.07 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  42.37 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  35.25 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  36.59 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  38.21 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  37.7 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  35.77 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 394 aa  74.3  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  33.33 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 136 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4473  Endoribonuclease L-PSP  32.85 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.871533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  40.35 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  38.18 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  41.05 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  32.59 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  30.71 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  34.55 
 
 		 126 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  43.59 
 
 		 138 aa  67  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  34.11 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8140  predicted protein  39.45 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0191964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  37.23 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  40 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  30.65 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  29.92 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  34.13 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  38.95 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  36.17 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  33.64 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  32.17 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  36.17 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  36.17 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 171 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  36.17 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  36.17 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>