More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1357 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  81.4 
 
 		 135 aa  225  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  80.62 
 
 		 129 aa  225  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  77.52 
 
 		 134 aa  219  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  78.29 
 
 		 134 aa  218  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  75.97 
 
 		 132 aa  214  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  75.4 
 
 		 134 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  69.77 
 
 		 132 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  69.05 
 
 		 136 aa  199  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  69.53 
 
 		 131 aa  193  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  77.52 
 
 		 135 aa  189  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  62.79 
 
 		 131 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  62.79 
 
 		 131 aa  172  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  62.02 
 
 		 131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  62.02 
 
 		 131 aa  170  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  62.02 
 
 		 131 aa  170  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  62.02 
 
 		 131 aa  170  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  62.02 
 
 		 131 aa  170  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 132 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  60.47 
 
 		 129 aa  165  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  60.47 
 
 		 129 aa  163  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  61.24 
 
 		 129 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  60.47 
 
 		 130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 132 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  60.47 
 
 		 132 aa  160  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 131 aa  160  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 135 aa  155  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  57.36 
 
 		 140 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  60.22 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  38.64 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 130 aa  85.5  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 130 aa  83.6  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  33.9 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  34.75 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  34.75 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  34.35 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  34.85 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  37 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  39.66 
 
 		 154 aa  64.3  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3572  Endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 126 aa  62.8  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.65097  normal  0.188207 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  35.19 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  37.07 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2058  endoribonuclease L-PSP  59.09 
 
 		 73 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.366318  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  35.83 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00590  mitochondrial genome maintenance-related protein, putative  35.96 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0239835  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 117 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  37.04 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  33.61 
 
 		 402 aa  60.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  34.43 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  33.9 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  35.35 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  39.58 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  31.82 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  29.46 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4001  Endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4114  Endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 130 aa  57  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  38.14 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  57  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 129 aa  57  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  31.82 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4890  endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>