More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2477 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  100 
 
 		 132 aa  275  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  95.42 
 
 		 133 aa  266  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  74.62 
 
 		 131 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  70.54 
 
 		 135 aa  206  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 132 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 132 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 132 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  42.97 
 
 		 134 aa  119  9e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  42.42 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  43.08 
 
 		 132 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  42.42 
 
 		 130 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 132 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 137 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 137 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  41.07 
 
 		 145 aa  95.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  41.07 
 
 		 145 aa  95.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 131 aa  95.1  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 137 aa  93.2  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  38.64 
 
 		 135 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 131 aa  91.3  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  39.82 
 
 		 128 aa  90.1  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  38.28 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  37.1 
 
 		 207 aa  89.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  38.28 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  38.28 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  36.72 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  36.72 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  42.68 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  34.85 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  32.81 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 394 aa  62.8  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  29.63 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  34.86 
 
 		 402 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  35.92 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  33.03 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  33.03 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  29.27 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  33.94 
 
 		 125 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6178  hypothetical protein  35.45 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71200  YjgF family translation initiation inhibitor  35.45 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3267  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.431089  normal  0.0317231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  31.19 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5405  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0585911 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  41.77 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  32.84 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2378  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  33.67 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  31.48 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4473  Endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.871533  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  25 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6992  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2347  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2367  Endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.308002  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01480  Brt1, putative  30.83 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.683289  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1661  Endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7080  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6423  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2961  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.211045  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  28.24 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5674  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.171739  normal  0.201016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  32.29 
 
 		 127 aa  53.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  30.56 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>