More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6257 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 136 aa  278  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  96.21 
 
 		 132 aa  263  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  81.89 
 
 		 134 aa  226  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  78.95 
 
 		 134 aa  224  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  76.74 
 
 		 134 aa  213  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  72.09 
 
 		 129 aa  211  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  76.19 
 
 		 132 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  73.64 
 
 		 135 aa  208  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  69.05 
 
 		 129 aa  199  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  68.99 
 
 		 131 aa  197  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  71.97 
 
 		 135 aa  187  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  62.2 
 
 		 131 aa  169  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  62.2 
 
 		 131 aa  169  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  62.2 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  62.2 
 
 		 131 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  60.63 
 
 		 129 aa  160  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  59.84 
 
 		 131 aa  160  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  58.27 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  58.27 
 
 		 129 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  60.63 
 
 		 129 aa  159  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  56.92 
 
 		 132 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  58.27 
 
 		 132 aa  157  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  55.81 
 
 		 132 aa  156  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  58.59 
 
 		 140 aa  153  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  59.38 
 
 		 135 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  62.37 
 
 		 108 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  38.52 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  38.64 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  38.98 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  36.43 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  38.98 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  38.98 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  39.23 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  35.54 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  35.43 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  37.84 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  32.81 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  35.14 
 
 		 128 aa  63.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  36.61 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  55.56 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  44.32 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  39.18 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  37.76 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  36.61 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  33.64 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  38.54 
 
 		 123 aa  60.1  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  36.73 
 
 		 125 aa  60.1  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01480  Brt1, putative  34.82 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.683289  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  42.71 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  40.32 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  36.08 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5083  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000803015  normal  0.0820919 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1390  endoribonuclease L-PSP, putative  33.64 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>