More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2374 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  273  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  74.62 
 
 		 132 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  73.85 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  69.47 
 
 		 135 aa  201  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 134 aa  130  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  47.73 
 
 		 132 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  46.97 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  46.97 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  47.73 
 
 		 130 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  47.73 
 
 		 130 aa  124  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  46.97 
 
 		 132 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  44.36 
 
 		 132 aa  120  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  45.45 
 
 		 145 aa  104  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  45.45 
 
 		 145 aa  104  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 137 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  44.55 
 
 		 207 aa  99.4  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 137 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 137 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 128 aa  96.3  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 132 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 137 aa  91.3  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 132 aa  90.5  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  39.06 
 
 		 132 aa  90.9  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 138 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  38.28 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  37.5 
 
 		 129 aa  84.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  37.5 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  34.38 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 132 aa  75.5  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  36.5 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  38.64 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  33.59 
 
 		 132 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  36.8 
 
 		 130 aa  67  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  36.22 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  36 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  34.65 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  32.58 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  33.94 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  32.28 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  32.06 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  38.55 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04125  conserved hypothetical protein  31.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.386288 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3905  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0995322 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 131 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  32.82 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4473  Endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.871533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  33.33 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  35.29 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  32.11 
 
 		 129 aa  60.1  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  31.54 
 
 		 127 aa  60.1  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 108 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  32.73 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  34.86 
 
 		 402 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  31.19 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  32.29 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  31.19 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  32.43 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  31.19 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>