More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3954 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  265  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  86.82 
 
 		 135 aa  235  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  83.72 
 
 		 134 aa  234  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  82.95 
 
 		 134 aa  228  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  80.62 
 
 		 132 aa  226  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  80.62 
 
 		 129 aa  225  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  80.31 
 
 		 134 aa  221  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  74.42 
 
 		 132 aa  214  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  72.09 
 
 		 136 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  75.78 
 
 		 131 aa  207  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  83.72 
 
 		 135 aa  201  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  63.57 
 
 		 131 aa  175  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  63.57 
 
 		 131 aa  175  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  62.79 
 
 		 131 aa  174  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  62.79 
 
 		 131 aa  174  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  62.79 
 
 		 131 aa  174  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  62.79 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 131 aa  171  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 131 aa  171  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  62.02 
 
 		 131 aa  171  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  62.79 
 
 		 130 aa  169  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 132 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  60.47 
 
 		 129 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  63.57 
 
 		 140 aa  166  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  60.47 
 
 		 129 aa  165  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  60.47 
 
 		 129 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 132 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  58.91 
 
 		 132 aa  160  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  57.36 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  58.14 
 
 		 131 aa  158  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 135 aa  157  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  59.14 
 
 		 108 aa  120  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 130 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 		 132 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  38.93 
 
 		 132 aa  83.6  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  38.6 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  37.3 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  37.12 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  34.07 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 137 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  42.11 
 
 		 125 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 137 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  35.16 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  38.64 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  33.33 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  32.48 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  32.48 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  44.14 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  41.59 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  38 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  36.52 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  35.45 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  40.37 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3572  Endoribonuclease L-PSP  37.38 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.65097  normal  0.188207 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  37.04 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  35.45 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  41.88 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_003296  RS04792  hypothetical protein  40 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.598375  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0749  Endoribonuclease L-PSP  38.3 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.26944  normal  0.774462 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  34.45 
 
 		 402 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3641  endoribonuclease L-PSP family protein  37.72 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  35.45 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 126 aa  62  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1494  endoribonuclease L-PSP  41.28 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  41.46 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3399  endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000947362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 117 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2058  endoribonuclease L-PSP  61.36 
 
 		 73 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.366318  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  42.71 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  37.37 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  38.38 
 
 		 127 aa  60.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  37.76 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>