More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3498 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3498  L-PSP family endoribonuclease  100 
 
 		 154 aa  309  9e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.23917  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  42.37 
 
 		 148 aa  97.1  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4539  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 142 aa  90.1  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.293828  normal  0.437318 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4662  endoribonuclease L-PSP  41.53 
 
 		 185 aa  87.8  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0717  Endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2176  endoribonuclease L-PSP  34.67 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.589076  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2595  endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0682  Endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 161 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.083858 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0647  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 137 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  33.76 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  33.87 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  32.52 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 132 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3522  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0348507  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2252  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2275  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.321934  hitchhiker  0.000000264043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  31.09 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4825  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1188  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 175 aa  67.4  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  37.39 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  30.7 
 
 		 132 aa  63.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  30.87 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  34.29 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  35.24 
 
 		 128 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02566  conserved hypothetical protein  33.05 
 
 		 510 aa  62.8  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.676497 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2405  endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.996899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  29.69 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  35.4 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  35.4 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  37.39 
 
 		 129 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  34.48 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  36.13 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  39.47 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5379  isochorismatase hydrolase/endoribonuclease L-PSP  29.73 
 
 		 377 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126224  normal  0.59456 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  32.33 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  34.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  34.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  33.63 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  33.63 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  34.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  34.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  37.39 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1171  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  28.93 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1118  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140871  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  35.78 
 
 		 132 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0604  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.312968  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  31.75 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1053  L-PSP family endoribonuclease  30.16 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0450372  normal  0.0141038 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  31.75 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0543  L-PSP family endoribonuclease  30.16 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3493  Endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 133 aa  57  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 134 aa  57  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  38.26 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  31.86 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  28.91 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  33.9 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  28.93 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  30.25 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4670  endoribonuclease L-PSP  28.95 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2280  endoribonuclease L-PSP  27.83 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  26.09 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  31.53 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  27.12 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2156  Endoribonuclease L-PSP  26.56 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.17424 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>