More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5952 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 132 aa  270  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  96.21 
 
 		 136 aa  263  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  82.95 
 
 		 134 aa  229  9e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  84.25 
 
 		 134 aa  226  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  77.52 
 
 		 134 aa  214  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  74.42 
 
 		 129 aa  214  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  75.19 
 
 		 135 aa  211  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  75.19 
 
 		 132 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  69.77 
 
 		 129 aa  202  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  70.31 
 
 		 131 aa  198  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0849  Endoribonuclease L-PSP  75.19 
 
 		 135 aa  187  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499919  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  64.34 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  64.34 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  64.34 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  64.34 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  64.34 
 
 		 131 aa  174  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  64.34 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  64.34 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  64.34 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  64.34 
 
 		 131 aa  173  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 130 aa  164  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  59.23 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  61.24 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  61.24 
 
 		 129 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 129 aa  161  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  59.69 
 
 		 131 aa  159  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  56.49 
 
 		 132 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  58.14 
 
 		 132 aa  158  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  59.09 
 
 		 135 aa  154  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  58.91 
 
 		 140 aa  153  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  63.44 
 
 		 108 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  37.4 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  39.34 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  37.88 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 130 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  38.14 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  38.14 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  38.14 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  36.64 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 172 aa  70.5  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  33.59 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  33.59 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4818  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  38.39 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  45.33 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  36.94 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  38.6 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  37.01 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  34.23 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  53.7 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  43.18 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  41.24 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  36.36 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 129 aa  60.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  32.73 
 
 		 138 aa  60.1  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01480  Brt1, putative  34.82 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.683289  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  42.71 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  36.46 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  38.54 
 
 		 123 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5083  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000803015  normal  0.0820919 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  34.38 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  40.19 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  35.29 
 
 		 402 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  36.08 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  39.45 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  35.78 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  35.78 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  40.16 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>