More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4322 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 137 aa  282  9e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 137 aa  282  9e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  75.74 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  75.74 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  75.74 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  69.63 
 
 		 137 aa  202  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  67.65 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  61.07 
 
 		 138 aa  177  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  66.67 
 
 		 132 aa  173  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  50.78 
 
 		 131 aa  130  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1302  endoribonuclease L-PSP  50.39 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6528  endoribonuclease L-PSP  50.39 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6135  endoribonuclease L-PSP  49.61 
 
 		 132 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3080  endoribonuclease L-PSP  44.09 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0669156  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3242  endoribonuclease L-PSP  45.74 
 
 		 132 aa  114  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57366  normal  0.136593 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6580  endoribonuclease L-PSP  48.41 
 
 		 130 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.121518  normal  0.64556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6295  endoribonuclease L-PSP  47.29 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114963  hitchhiker  0.00251827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7050  endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 		 132 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  43.94 
 
 		 132 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 129 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4166  endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 130 aa  100  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 133 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  37.69 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 131 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  44.09 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 135 aa  97.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  41.73 
 
 		 129 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1720  endoribonuclease L-PSP family protein  41.73 
 
 		 129 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 131 aa  94  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  39.37 
 
 		 132 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  40.94 
 
 		 135 aa  92  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1109  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 132 aa  90.1  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.138441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  38.1 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5271  endoribonuclease L-PSP  40.8 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  33.61 
 
 		 207 aa  89  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  34.82 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  34.82 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  33.04 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3176  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  42.61 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  36.51 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4473  Endoribonuclease L-PSP  34.33 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.871533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3954  Endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 129 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  40.15 
 
 		 133 aa  72  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1654  endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.950662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  33.6 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3087  Endoribonuclease L-PSP  35.61 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  32.8 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5509  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1109  endoribonuclease L-PSP  35.96 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  34.55 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  39.8 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  36.11 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0463  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.97811  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  38.18 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4587  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0320417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 127 aa  63.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  38.18 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  36.61 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 125 aa  63.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1855  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.570502  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  34.26 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  40.62 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  38.18 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  38.74 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_002950  PG1847  endoribonuclease L-PSP, putative  35.14 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  34.82 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  34.75 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  38.05 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5083  endoribonuclease L-PSP  40.62 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000803015  normal  0.0820919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 126 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>